Молодой партийный функционер начал сразу же отрабатывать «аванс» своего патрона — включился в активную и бескомпромиссную борьбу с «антикоммунистами» и «сербофобами» в Черногории, главными политическими противниками Милошевича в Югославии.
Однако уже через три года Джуканович неожиданно для Милошевича объявляет себя приверженцем демократической идеи, становится полновластным лидером Черногории и вот уже 16 лет близко никого не допускает к своей единоличной власти.
В 1997 году Джуканович провозгласил курс на отделение Черногории от Сербии, а в марте 1999 года призвал Запад «покончить с фашистским режимом Слободана Милошевича» и публично поддержал американские бомбардировки Сербии.
Отделить часть государства от целого, Черногорию от СФРЮ, а потом от Союзной Республики Югославия было непросто. Нужно было обойти международные договоры и найти такие пути, которые одобрил бы Запад. Но поскольку США и ЕС в этот период активно проводили курс на раздробление Югославии и изоляцию Сербии, Джуканович в 2002 году при мощной поддержке Запада сумел навязать союзному югославскому руководству Белградские соглашения, на основании которых возникло новое государственное сообщество Сербии и Черногории как единый субъект международного права.
22 февраля 2005 года руководители Черногории — премьер Мило Джуканович и президент Филип Вуянович при политической (и не только) поддержке США и ЕС предложили Белграду Договор о трансформации государственного сообщества Сербии и Черногории в союз независимых и международно признанных государств Сербии и Черногории, следствием которого и стал референдум 21 мая 2006 года. В нем имели право принять участие 484 718 человек. Пришли около 90 %. Высказались за отделение Черногории 55,4 %, против 44,6 % [2].
И действительно, решив отделиться от Сербии, черногорцы добили югославскую федерацию, которая распадалась в крови и слезах с начала 70-х годов. Все это происходило во имя права народов на самоопределение, пусть даже в ущерб государствам, признанным международным сообществом. Блок за сохранение государственного сообщества Сербии и Черногории, возглавляемый лидером Социалистической народной партии Предрагом Булатовичем, получил 44,6 % [2].
Результаты референдума немедленно признали ЕС, США, Россия и даже сама Сербия. Выступая после референдума, сербский президент Борис Тадич поздравил новое государство с обретением независимости и признал, что, хотя и является сторонником сохранения союза Сербии и Черногории, как глава демократического государства не может игнорировать волеизъявление черногорцев.
По мнению многих наблюдателей, референдум лишь формально закрепил на бумаге то, что давным-давно существовало в действительности. Обе республики в составе СиЧ пользовались максимальной свободой. Черногория вольна была вести собственную внешнюю политику, была свободна в финансовой политике, имела собственную полицию, которая выполняла роль и вооруженных сил [4].