Первое научное исследование посланий Филофея проделал киевский ученый В. Малинин в работах 1882–1901 годов. Он разыскал все известные тогда рукописи сочинений Филофея, опубликовал их и подробно проанализировал. Перед читателем предстал образ интересного и страстного писателя XVI века, но вопрос о его влиянии на современников с самого первого момента оказался спорным. Сам Малинин признал, что учение Филофея, «теория исторического призвания русского государства», «явля[ла]сь совершенно исключительною», но потом провозгласил, что «она так верно воспроизводила общий смысл эпохи, так точно угадывала настроение современников, что… вошла в государственные акты». Подтверждения последнего высказывания, между прочим, Малинин не предложил, и сто лет разысканий в архивах и библиотеках ничего не обнаружили, кроме грамоты 1589 года. Некоторые намеки на теорию были обнаружены в неофициальных документах: запись в Псалтыри Д. Годунова, вставка в одну позднюю редакцию «Повести о белом клобуке» (конец XVI века), еще одна подобная, тоже поздняя, вставка в «Казанскую историю». Единственным официальным актом, содержащим отсылки к «Третьему Риму», является Соборная грамота 1589 года о поставлении митрополита Иова на патриаршество. Но здесь сказано, что «ветхий (= первый) Рим падеся Аполинариевою ересью, второй же Рим, иже есть Константинополь, агарянскими внуки от безбожных турок обладаемъ… великое Росийское царствие, третей Рим, благочестием всехъ превзыде…». В настоящем контексте выражение «Третий Рим» не связано с учением Филофея. Согласно грамоте, Второй Рим не пал, а «обладаем» турками, значит, православие греков еще сохраняется, что было совершенно логично, иначе греческие патриархи не могли бы поставить московского митрополита на патриаршество. Как правильно указала Синицына, эсхатология в грамоте совсем отсутствует. Можно добавить, что «Третий Рим» фактически стал почетным эпитетом без отсылок к теории Филофея. Поэтому неудивительно, что и само выражение, и концепция были прочно забыты до появления печатной Кормчей 1653 года. В это время начинается возрождение идеи в работах Никиты Добрынина («Пустосвята»), Никанора и других старообрядцев. Их оппоненты не разделяли интерес к Филофею и тема оказалась за пределами главных течений русской культуры на целых два столетия[65].
Ввиду почти полного отсутствия следов учения Филофея в памятниках русской культуры XVI — XVII веков, почти все западные русисты и многие русские историки (в отличие от русских литературоведов) не склонны придавать теории Третьего Рима центральное значение в истории русского национального самосознания того времени. В этом они опираются на указания Я. С. Лурье сорокалетней давности и на фактические данные, а также, частично, на заключения Н. В. Синицыной и А. С. Гольдберга. Многие приверженцы исключительной важности теории передают ее в версии 1589 года, то есть без апокалиптического момента, центрального для Филофея[66]. К тому же русские искусствоведы и историки на Западе нашли в письменности и живописи другой вариант христианского понимания места России в мировой истории — концепция «Россия — новый Израиль» или «Москва — новый Иерусалим»[67].
Уже Киевская Русь понималась иногда как новый христианский Израиль (митрополит Иларион), но Московскую Русь постоянно и систематически отождествляли с ветхозаветным царством избранного народа. Впервые словосочетание «новый Израиль» встречается в известном послании Вассиана Рыло, архиепископа ростовского, к Ивану III накануне стояния на Угре. Эпитет можно найти также в Степенной книге в связи с завоеванием Смоленска и Казани, во «Временнике» Ивана Тимофеева. Параллели между Россией и древним Израилем появляются в «Житии царя Федора Ивановича» от патриарха Иова, в Новом летописце (об избрании Михаила Федоровича царем). Начиная с 1547 года образ Нового Израиля занял свое место в чине венчания русских царей. На стенах Золотой палаты Кремлевского дворца изображали Иисуса Навина и завоевание «земли ханаанской», а не историю Византии и ее императоров. В конце XVI века Борис Годунов запланировал новое градоустройство Москвы по образцу Иерусалима, а не Царьграда[68]. С 1550-х до 1690-х годов самым значительным обрядом при царском дворе был обряд шествия патриарха на осляти в Вербное воскресенье. До 1656 года шествие шло из Успенского собора до собора Покрова на рву (Василия Блаженного), точнее, до его придела, посвященного Входу в Иерусалим. Патриарх Никон изменил порядок шествия, открывая его у Лобного места и доходя до Успенского собора. Оба варианта подчеркивали восприятие Москвы как Нового Иерусалима[69].