В Энтеббе пассажиров поместили в захламленном здании аэропорта. Эксцентричный безумец, президент Уганды генералиссимус Иди Амин пожелал использовать это драматическое событие для укрепления своего авторитета в странах третьего мира. Он предоставил террористам полную свободу действий, а территорию аэропорта оцепил войсками - солдатами президентской гвардии.
Власти Израиля всегда отличались непримиримым отношением к террористам. Они и на этот раз решили, что события пойдут по их сценарию. Была немедленно начата подготовка к операции по освобождению заложников. До того, как правительство приступило к переговорам, разведслужбы Израиля в молниеносном темпе получили информацию о самих террористах, заложниках, угандийской армии и аэродроме в Энтеббе. Столь же быстро была создана специальная группа, начавшая отрабатывать атаку на самолет в пустынном районе, где его не заметил бы ни один спутник стран, склонных доброжелательно рассказать об этом властям Уганды. Разведке довольно легко удалось добыть данные об аэродроме - частично от израильской фирмы, которая строила большую часть сооружений, а частично - с помощью фотографий, сделанных американским спутником.
30-го июня террористы освободили всех пассажиров, кроме евреев и французского экипажа, отказавшегося покинуть самолет. Всего в Энтеббе осталось 103 человека. Освобожденные пассажиры были немедленно высланы в Париж, где их допросили израильские и французские разведчики, получив ценные дополнительные сведения. Стало известно, как выглядят и ведут себя вооруженные террористы под командованием некоего Вилфрида Безе. Пассажиры рассказали, что аэродром окружен угандийскими солдатами, а на боковых летных полосах стоят несколько истребителей МИГ-15, 17 и 21, принадлежащих ВВС Уганды. Заложников содержат в зале аэровокзала.
С Угандой не могла идти речь о каком-либо сотрудничестве или о предупреждении, что Израиль собирается применить силу против террористов. К такому акту хозяева отнесутся как к агрессии. Это подтверждали рассказы освобожденных пассажиров о поведении угандийских солдат, симпатии которых явно принадлежали арабским похитителям, а не пленникам. Поэтому израильский штаб должен был считаться с тем, что появление штурмовой группы вызовет вмешательство угандийских войск, а это замедлит ход операции и повысит вероятность гибели заложников от рук террористов.
Приняв во внимание все обстоятельства, антикризисный штаб, во главе с генералом Мордехаем Гуром, тогдашним начальником штаба армии, разработал сценарий с учетом возможных осложнений. Командующим операцией стал бригадный генерал Дан Шомрон, получивший в свое распоряжение добровольцев из 35-й парашютной бригады, группу "Саерет Голани" (разведчиков-коммандос из известной пехотной бригады "Голани") и соединение "269" (Саерет Миткаль). Дополнительно были выделены несколько агентов "Моссада" и медицинский персонал. Наряду с тренировкой штурмовой группы, обучали пилотов полету, приземлению и взлету без помощи извне. Кроме того, несколько коммандос научились работать заправщиками, поскольку запаса топлива хватало только на полет в одну сторону и следовало восполнить его на месте, в Энтеббе. Всей операции присвоили кодовое название "Джонатан" (Ионатан) - по имени командира штурмовой группы полковника Натаньяху.
В первых числах июля в Африку были переброшены две израильских группы. Первая спряталась вблизи аэропорта в Энтеббе. В ее состав входили разведчики "Моссада" и коммандос из "269". Разведчикам предстояло проверить информацию об аэродроме и положении на нем, а коммандос должны были предотвратить вмешательство извне в ход операции. Угроза могла исходить из столицы Уганды Кампалы, расположенной в 32 км от Энтеббе. Там находился большой гарнизон с танками Т-54 и бронетранспортерами. Поэтому после начала операции коммандос собирались заминировать подходы к аэродрому. Вторая группа, также состоявшая из коммандос "Саерет Миткаль", проникла в район аэродрома в Найроби - столице соседней Кении. Если бы штурмовая группа Натаньяху не сумела заправиться в Энтеббе, им хватило бы горючего только до Найроби. Ожидавшие их там в укрытии израильские коммандос должны были просто обслужить самолеты при согласии правительства Кении, а если нет - сделать это силой, захватив аэродром.