Одновременно с учебой в Академии Хауссер окончил летные курсы и в 1909-1912 годах служил еще и летчиком-наблюдателем в составе германского Военно-морского флота. Учеба в Академии была довольно интенсивной и трудной, но Хауссеру удалось сдать все экзамены, пройти аттестации и 21 июля 1911 года успешно окончить ее. После этого он по существовавшей в прусской армии традиции был откомандирован обратно в свой полк, а 22 марта 1912 года официально зачислен в Большой Генеральный штаб — созданную Мольтке и Шлиффеном «Обитель богов», как называли ее в армии. 9 ноября 1912 года Хауссер женился, предки его избранницы Элизабет Жерар (родилась 18 июля 1891 года в Бранденбурге-на-Хавеле) вели свой род от французских эмигрантов. В этом браке у супругов родилась дочь (28 декабря 1913 года).
1 октября 1913 года Хауссер получил патент на звание капитана Генштаба. Ему было 33 года — карьера в мирное (а впрочем, и в военное) время в прусской армии шла довольно медленно. 22 марта 1914 года капитан Хауссер был переведен в Топографический отдел Большого Генштаба. На этом посту его застало известие об убийстве в Сараево наследника австро-венгерского престола эрцгерцога Франца-Фердинанда. Европу потряс тяжелейший политический кризис, мир стремительно катился к мировой войне.
1 августа 1914 года в Германской империи была объявлена всеобщая мобилизация, Большой Генштаб был значительно сокращен, и его сотрудники направлены в действующую армию. Капитан Пауль Хауссер получил назначение в штаб 6-й армии, которой командовал баварский кронпринц Рупрехт Виттельсбах — сын короля Баварии Людвига III. В этой армии были собраны все баварские войска германской армии. Армия развертывалась на Западе в районе Курсель — Шато — Сален — Сааргемюнде — Саарбург. Затем Хауссер возглавлял оперативный отдел штаба IV корпуса, командовал ротой 88-го фузилерного генерал-фельдмаршала графа Мольтке полка. В октябре 1916 года Хауссер вернулся на штабную работу и возглавил оперативный отдел штаба 109-й пехотной дивизии. 22 марта 1918 года Хауссер был произведен в майоры и назначен начальником оперативного отдела штаба 59-го генерального командования особого назначения. Он принял участие в боях во Франции, Венгрии, Румынии — в последней стране он во 2-й половине 1918 года был направлен в качестве представителя германского командования в штаб румынского корпуса «Фокшаны» генерала Авареску. Успев и повоевать на фронте и поработать в штабах, Хауссер, получил значительное число военных отличий — в германской армии штабных работников поощряли очень хорошо. К концу войны его грудь украшали Железные кресты 1-го и 2-го класса, Рыцарский крест ордена Дома Гогенцоллернов с мечами, Рыцарский крест саксонского ордена Альберта 1-го класса, Рыцарский крест вюртембергского ордена Фридриха 1-го класса, баварский Орден за военные заслуги 4-го класса с мечами, ангальтский Крест Фридриха, австро-венгерский Крест военных заслуг 3-го класса с военными украшениями.
В ноябре 1918 года война закончилась — Германия проиграла, сотни тысяч военных оказались перед перспективой быть выброшенными на улицу, оказаться в гражданском обществе, к жизни в котором они были не готовы. Перед Хауссером эта проблема не стояла: 38-летний майор Генштаба с большим опытом был желанным кандидатом для службы в вооруженных силах. В январе 1919 года его перевели в штаб V армейского корпуса в качестве офицера связи при пограничной охране «Восток», размещавшейся в Глогау в Силезии — задачей этой «стражи» было не допустить захвата поляками силезских земель. И с этой задачей пограничная охрана (при действенной поддержке Добровольческих корпусов) успешно справилась.