Всем естественным преимуществам каньона Чако противостояли два главных неблагоприятных фактора, обусловленные уязвимостью природной среды Юго-Запада. Один из них связан с проблемами водного регулирования. Поначалу сток дождевой воды мог более или менее равномерно распределяться по ровному дну каньона, давая возможность вести пойменное земледелие, используя как дождевой сток, так и высокий уровень грунтовых вод. Когда анасази стали отводить воду в ирригационные каналы, увеличение объема стока воды в каналах и сведение естественного растительного покрова под посевы, вкупе с природными процессами, привели к такому размыванию прорытых каналов, что на их месте в X столетии образовались глубокие арройо, уровень воды в которых оказался ниже уровня грунтовых вод. Таким образом земледелие, основанное на поливе из ирригационных каналов, равно как и на естественной подпитке грунтовыми водами, становилось невозможным до тех пор, пока арройо снова не наполнялись водой. Образование подобных арройо может происходить удивительно быстро. Например, в конце 1880-х годов в городе Таксон в штате Аризона американские поселенцы вырыли дренажную канаву с целью достичь водоносного слоя и отвести его воды по каналам вниз в пойму. К несчастью, паводок, вызванный затяжными дождями лета 1890 года, стал размывать дно в самом начале этой канавы, так что канава превратилась в арройо, который менее чем за три дня разросся на расстояние в шесть миль вверх по течению, оставив рассеченной и непригодной для ведения сельского хозяйства пойменную равнину возле Таксона. Ранние индейские цивилизации Юго-Запада, вероятно, тоже предпринимали попытки сооружения подобных дренажных канав с тем же плачевым результатом. Анасази Чако справлялись с проблемой арройо в каньоне несколькими способами: сооружая плотины в прилегающих боковых каньонах выше уровня основного каньона для сбора дождевой воды; планируя расположение полей таким образом, чтобы те могли орошаться этой водой; задерживая дождевую воду, стекающую с северной стены каньона, между каждой парой боковых каньонов; и выстроив каменную плотину, перегораживающую главный каньон.
Другая важная экологическая проблема, помимо регулирования стока воды, заключалась в обезлесении, о котором свидетельствуют результаты исследования отложений в крысиных норах. Для тех из вас, кто (как и я сам еще несколько лет назад) никогда не видел древесных крыс и не знает, что из себя представляют их гнезда, а потому не может даже подозревать о существовании взаимосвязи этих созданий с древней историей анасази, предлагаю краткий курс анализа ископаемых крысиных гнезд. В 1849 году голодные золотоискатели, пересекая пустыню Невада, заметили на склоне несколько блестящих шариков, напоминающих леденцы; облизав их и разжевав, люди нашли эти шарики сладковатыми на вкус, но вскоре их стошнило. В конце концов выяснилось, что эти шарики были затвердевшими экскрементами мелких грызунов — древесных крыс. Единственным спасением для грызунов являются их норы, которые они выстилают прутиками, фрагментами растений и найденных поблизости экскрементов млекопитающих, а также остатками пищи, кусочками костей и своими собственными фекалиями. Не приученные ходить в туалет, крысы мочатся в гнездах; содержащиеся в моче сахар и другие субстанции кристаллизуются после высыхания, цементируя отложения до консистенции кирпича. В сущности, голодные золотоискатели ели сушеную крысиную мочу, сдобренную фекалиями и пищевыми отходами.
Естественно, чтобы снизить до минимума риск быть схваченным хищниками, древесные крысы собирали растительность в радиусе всего нескольких десятков ярдов от норы. Через несколько десятилетий крысиное потомство покидало свое убежище и рыло новую нору, а кристаллизованная моча предохраняла содержимое старой норы от разложения.
Идентифицируя остатки десятков законсервированных в моче видов растений из окаменелых крысиных гнезд, палеоботаники могут получить представление о составе флоры вблизи крысиного жилища именно в тот промежуток времени, когда крысы строили эти гнезда; одновременно зоологи могут восстановить что-либо из фауны по остаткам насекомых и позвоночных. В сущности, крысиные отложения — мечта палеонтолога: это «капсула времени», сохранившая образцы местной растительности в пределах нескольких десятков ярдов от исследуемого места за период в несколько десятилетий, в момент времени, определяемый радиоуглеродным анализом этих отложений.