Подобные возражения породили сомнения и разногласия относительно многих сообщений о находках человеческих останков, явным образом свидетельствовавших о каннибализме, которые были сделаны в древних поселениях анасази. Самое веское доказательство найдено на одной из стоянок анасази, где дом и все его содержимое разрушено, разбросанные кости семерых человек остались внутри — все говорило о том, что они были убиты в схватке и брошены, а не похоронены должным образом. Некоторые из этих костей были раздроблены таким же образом, каким кости потребляемых в пищу животных дробятся с целью извлечь костный мозг. У других костей гладкие головки — для костей животных это верный признак того, что их варили. В свою очередь, на внутренних стенках разбитых котлов с этой стоянки анасази сохранился слой накипи с остатками миоглобина — белка человеческих мышц, — подтверждающий, что в этих котлах варилось, среди прочего, и человеческое мясо. Скептики могут продолжать выдвигать возражения, утверждая, что варка человечины в котлах и раздрабливание человеческих костей вовсе не доказывают, что другие люди действительно ели мясо бывших владельцев этих костей; однако зачем еще были нужны все эти хлопоты с варкой мяса и дроблением костей — чтобы в итоге просто раскидать все по полу? Самым явным подтверждением факта каннибализма на этой стоянке являются высохшие человеческие экскременты, найденные в домашнем очаге и прекрасно сохранившиеся в сухом климате, несмотря на почти тысячелетний возраст, — в них обнаружен белок человеческих мышц, который не встречается в обычных человеческих фекалиях, даже в выделениях людей с травмированным и кровоточащим кишечником. Вероятно, все было так: кто-то напал на селение, убил жителей, разделал тела, сварил мясо в котлах, разбросал кости и затем испражнился прямо в очаг, на котором были сварены тела несчастных жертв.
Последним сокрушительным ударом для жителей Чако стала засуха, которая началась — судя по древесным годичным кольцам — около 1130 года. Подобные засухи происходили и прежде, около 1090 и 1040 годов, но на сей раз ситуация осложнилась тем, что населения в каньоне Чако стало больше, усилилась зависимость от удаленных поселений и не осталось свободных земель.
Засуха могла вызвать падение уровня подземных вод ниже той глубины, до которой еще дотягивались корни растений и которая могла обеспечить эффективное земледелие; засуха могла также сделать невозможным и богарное, и ирригационное земледелие. Засуха в течение трех и более лет могла стать фатальной, потому что, как можно видеть на примере современных пуэбло, хранить маис возможно только в течение двух-трех лет, при более длительном хранении он портится или поражается вредителями настолько, что становится непригодным к употреблению. Возможно, что удаленные поселения, которые прежде снабжали религиозные и политические центры Чако продуктами питания, утратили доверие к жрецам, молитвы которых о ниспослании дождей оставались безответными, и отказались продолжать поставки продовольствия. Моделью гибели поселений анасази в Чако, которую европейцам не довелось наблюдать, может являться происшедшее в 1680 году восстание пуэбло против испанцев — восстание, которое европейцы видели собственными глазами. Как и в центрах анасази Чако, испанцы получали продукты питания от местных земледельцев, облагая тех налогами, и продовольственные поборы были приемлемы до тех пор, пока не грянула засуха, лишившая крестьян значительной части урожая, что привело их к мятежу.
Между 1150 и 1200 годами каньон опустел и оставался практически необитаемым до тех пор, пока 600 лет спустя его вновь не заселили пастухи из племени навахо. Поскольку навахо не знали, кто построил найденные здесь огромные руины, они назвали исчезнувших древних обитателей «анасази», что значит «древние люди». Что же в действительности произошло с тысячами обитателей Чако? По аналогии с исторически засвидетельствованным исходом других пуэбло во время засухи в 1670-х годах, вероятно, многие умерли от голода, некоторая часть населения погибла в междоусобных столкновениях, а оставшиеся переселились в другие заселенные места Юго-Запада. Эвакуация должна была быть организованной, поскольку в большинстве помещений в домах анасази отсутствуют посуда и иная домашняя утварь, как и следует ожидать от людей, которые загодя собираются переезжать на новое место жительства, в отличие от описанной выше ситуации, когда несчастные хозяева жилища были убиты и съедены, — вся посуда там осталась на своих местах. Местность, куда бежали выжившие жители Чако, состояла из нескольких пуэбло (индейских поселений) на территории современных зуньи; жилые дома там построены в стиле, похожем на дома в каньоне Чако, внутри имелась глиняная посуда в стиле Чако, датированная примерно тем временем, когда анасази покинули свои исконные земли.