Войны майя условно можно разделить на несколько хорошо известных видов вооруженных конфликтов: войны между отдельными царствами; попытки городов внутри царств отделиться путем восстания против столиц; гражданские войны, вызванные участившимися насильственными попытками претендентов на трон узурпировать власть. Все перечисленные способы записаны или изображены на монументах, поскольку это касалось царей и аристократии. Что касается простых людей, между ними тоже происходила борьба за землю: хоть она и не считалась достойной упоминания в надписях на памятниках, такая борьба, скорее всего, с учетом чрезмерной перенаселенности и оскудения почв, была еще более обычным явлением, чем междоусобицы среди царей и знати.
Другим важным фактором для понимания краха цивилизации майя являются повторяющиеся засухи; изучению этого природного явления большое внимание уделили Марк Бреннер, Дэвид Ходелл, Эдвард Диви в своих последних работах и их коллеги из Университета Флориды; этот вопрос также рассматривал Ричардсон Джилл в недавно вышедшей книге. Исследование кернов, добытых при бурении толщи осадочных отложений на дне озер, дало богатый материал, который позволил сделать вывод об имевших место засухах и изменениях окружающей среды. Например, гипс (сульфат кальция), растворенный в озерной воде, начинает выпадать в осадок и скапливается на дне во время засух, когда вода в озере испаряется сильнее обычного и концентрация растворенных в ней веществ становится более насыщенной. Концентрация молекул воды, которые содержат тяжелые изотопы кислорода (кислород-18), во время засух тоже увеличивается, так как вода, содержащая легкие изотопы кислорода (кислород-16), испаряется сильнее. Моллюски и ракообразные, живущие в озерах, усваивают из воды кислород, откладывающийся в их раковинах, — последние же прекрасно сохраняются в осадочных отложениях на дне озер в ожидании климатологов, которые проведут анализ на содержание в них изотопов кислорода спустя много-много лет после того, как крохотные существа умерли. С помощью радиоуглеродной датировки донных отложений можно определить примерный возраст того или иного слоя, а по результатам измерений содержания различных изотопов кислорода в гипсе, который выпал в осадок, можно сделать вывод о преобладающем характере погоды — засушливом или дождливом — в том году, когда данный слой сформировался. Те же самые керны со дна озера содержат информацию и для палинологов, которые могут сделать выводы о вырубке лесов (по снижению доли пыльцы лесных деревьев и увеличению доли травяной пыльцы), а также о почвенной эрозии (по толщине отложений ила и минералов, вымытых из почвы).
С помощью радиоуглеродной датировки слоев из донных озерных кернов климатологи и палеоэкологи сделали вывод, что примерно с 5500 по 500 год до н. э. климат страны майя был относительно влажным. Следующий период, с 475 по 250 год до н. э., как раз перед подъемом доклассической культуры майя, был сухим. Доклассическому подъему могло способствовать возвращение более влажного климата условий после 250 года до н. э., а засушливый период с 125 по 250 годы н. э. отнесен к доклассическому коллапсу в Эль Мирадоре и других местах. За этим коллапсом последовало возвращение влажного периода и застройка городов майя классического периода, прерванная на некоторое время засухой примерно в 600 году, которая совпала по времени с упадком Тикаля и некоторых других городов майя. В конце концов около 760 года началась самая сильная за последние 7 тысяч лет засуха, которая достигла своего пика примерно в 800 году и по всем признакам имела непосредственное отношение к краху классической цивилизации майя.
Тщательный анализ последовательности засух в стране майя указывает на тенденцию к их возникновению с периодичностью примерно в 208 лет. Подобные циклы засух могли стать результатом небольших изменений интенсивности солнечной радиации, которые, возможно, в стране майя усугублялись тем обстоятельством, что существующий на территории Юкатана градиент (постепенное изменение) количества выпадающих осадков (суше на севере, влажнее на юге) со временем смещался на юг. Можно предположить, что подобные изменения солнечной радиации оказывали воздействие не только на занимаемые майя территории, но и в некотором смысле на весь мир. Действительно, климатологи отметили, что случаи гибели некоторых других широко известных доисторических цивилизаций, расположенных на значительном расстоянии от местоположения страны майя, явно совпадали по времени с максимумами засушливых циклов — например, крах первой в мире империи (Аккадская империя в Месопотамии) около 2170 года до н. э., падение культуры Моче IV на побережье Перу около 600 года н. э., и крушение цивилизации Тиванаку в Андах около 1100 года н. э.