29 ноября 1777 года фельдмаршал Петр Румянцев назначил Суворова командовать Кубанским корпусом. Суворов, 5 января 1778 года принявший кубанский корпус, за короткое время сделал полное топографическое описание Кубанского края и серьезно укрепил кубанскую кордонную линию, бывшую, по сути, границей России и Турции. 23 марта 1778 года. Суворов был назначен вместо Прозоровского командующим войсками Крыма и Кубани и 27 апреля прибыл в Бахчисарай. Он разделил Крым на четыре территориальных округа, протянул по побережью линию постов на расстоянии по 3–4 километра между ними. Русские гарнизоны размещались в крепостях и сорока укреплениях – рентраншементах, фельдшанцах, редутах, вооруженных 90 орудиями. Первый территориальный округ занимал земли: на севере Крымского полуострова – от Перекопа до Чонгара, на востоке – от Чонгара до Карасубазара, на юге – от Карасубазара до Черного моря, реки Булганак, на западе – от Булганака до Перекопа. Центр округа находился в Гезлеве. Второй территориальный округ занимал юго-западную часть Крыма: на востоке – от Карасубазара до Судака, на юге – по крымскому побережью от Судака до реки Булганак. Центр округа был в Бахчисарае. Третий округ находился в восточном Крыму и занимал территорию на востоке – от Геническа по Арабатской стрелке до Арабата, на юге – по побережью Черного моря. Центр округа находился в Салгирском ретраншементе. Четвертый территориальный округ занимал Керченский полуостров с центром в Еникале. За Перекопом была дислоцирована бригада генерал-майора Ивана Багратиона.
16 мая 1778 года Александр Суворов обратился к своим войскам со специальным приказом, по которому русские должны были «соблюдать полную дружбу и утверждать обоюдное согласие между россиян и разных званиев обывателей». Суворову также удалось заставить уйти из Ахтиарской бухты остававшиеся там турецкие военные суда, начав строить укрепления на выходе из бухты и запретив туркам брать на берегу пресную воду из реки Бельбек. Турецкие корабли ушли в Синоп. Чтобы ослабить Крымское ханство Суворов по совету Григория Потемкина содействовал переселению христианского населения из Крыма на новые земли азовского побережья и устья Дона, что вызвало ярость Шагин Гирея и местной татарской знати. С мая по сентябрь 1778 года из Крыма в Приазовье и в Новороссию было переселена тридцать одна тысяча человек.
Известна «Высочайшая грамота об устройстве Христиан, выведенных из Крыма», подписанная Екатериной II 21 мая 1779 года:
«Божею поспешествующею милостью мы, Екатерина II, императрица и самодержица всероссийская, московская, киевская, владимирская, новгородская, царица казанская, царица астраханская, царица сибирская, государыня тверская и великая княгиня смоленская, княгиня эстлянская, и лифляндская, корельская, терская, югорская, пермская, вятская, болгарская и иных государыня, и великая княгиня Новагорода, низовския земли, черниговская, рязанская, ростовская, ярославская, белозерская, удорская, обдорская, кондийская и всея северные страны повелительница и государыня иверския земли, черкасских и горских князей, и иных наследная государяня и обладательница.
…всему обществу, крымских христиан греческого закона, всякого звания всем вообще, и каждому особо наше императорское милостивое слово.
…рассмотрев посланное к нам от вас из Бахчисарая от 16-го июля сего года общее и на доброй воле основанное прошение о избавлении всех вас от угрожаемого ига и бедствия принятием в вечное подданство Всероссийской империи, соизволяем мы не токмо принять всех вас под всемилостивший наш покров и яко любезных чад успокоив под оным, доставить жизнь толико благоденственную, колико желание смертных и беспрестанное наше о том попечение простираться могут.
На подлинной подписано собственною ея
императорского величества рукою тако:
Екатерина.»
В июле 1778 года у берегов Крыма в Феодосийской бухте с намерением высадить десант появился турецкий флот во главе с командующим турецким флотом Гассан-Газы-пашой, состоящий из ста семидесяти вымпелов. Турки прислали письмо с требованием запрета плавания русским кораблям вдоль крымского побережья, угрожая топить их в случае невыполнения ультиматума. Однако твердая позиция Суворова, заявившего в ответном письме, что он будет обеспечивать безопасность Крыма всеми доступными ему способами, не позволила туркам высадить десант. Турецкий флот ушел домой. Такая же попытка была повторена в сентябре 1778 года, но благодаря Суворову, укрепившему крымское побережье и приказавшему бригаде князя Багратиона войти в Крым и маневрировать с войсками по берегу соответственно движению турецких судов, турки не решились высадиться и ушли домой. Суворов докладывал своему командующему П.А. Румянцеву: