Однако в Сирии расположение Антония к Клеопатре уменьшило его популярность. Сирийцы не могли забыть, что египтяне некогда захватили многие их земли и что Клеопатра была не прочь повторить захватническую войну с их страной. К тому же в Араде были люди, действительно считавшие тамошнего самозванца царем Птолемеем XIII. Вскоре после этого в Араде произошли беспорядки: жители протестовали против налогов, введенных Антонием. С другой стороны, Антоний восстановил «независимость» (формальную автономию) сирийского города Лаодикеи, пострадавшего при Кассии. В это же время Антоний решил некоторые спорные иудейские проблемы. Хотя к нему явились несколько иудейских депутаций с протестами (которые были разогнаны солдатами), Антоний поддержал режим Гиркана II, который вместе со своим приближенным Антипатром в свое время оказал военную помощь Цезарю. Хотя Гиркан вынужден был во время последней войны помогать Кассию, Антоний все же сохранил за ним властные полномочия. Антипатра уже не было в живых, но Антоний утвердил его сыновей Фазеля и Ирода (будущего Ирода Великого) в качестве своих наместников в Иерусалиме и Галилее, пожаловав им титулы князей.
Если не считать Иудеи, Антоний в то время не занимался серьезно делами восточных зависимых стран, которые не проявили особой верности триумвирам во время недавней гражданской войны. Впоследствии его критиковали за это упущение (см. И. Флавий. Иудейская война). Критики утверждали, что он совершил оплошность, так как слишком торопился вновь увидеться с Клеопатрой. Действительно, Антоний возвратился в Египет и провел в ее обществе зиму 41/40 года до н.э. Но с его точки зрения накануне большой восточной войны, которую он затевал, не следовало проводить какие-то реформы в зависимых странах. Если кто-то из правителей прежде плохо себя проявил, теперь они должны будут, в его присутствии, следить за своим поведением, чтобы загладить вину. К тому же Александрия была не только местом жительства Клеопатры, но и стратегически важным городом, где Антоний расположил свою штаб-квартиру.
Но, помня о том, какое неудовольствие вызвало в свое время появление Цезаря со знаками консульской власти и во главе войска, Антоний прибыл в Александрию как частное лицо. Он уже был популярен в этом городе, поскольку четырнадцать лет назад предотвратил убийство египетских пленных. Теперь же он укрепил благоприятное впечатление о себе не только благодаря его эллинофильству, но и потому, что представил себя гостем независимой царицы. Конечно, ему требовалась помощь Египта. Но Антоний хотел показать, что ищет помощи как друг.
Единственным, что могло омрачать его пребывание в Египте, были воспоминания о законной жене Фульвии, которая представляла его интересы в Италии. По мнению Шекспира, Клеопатра не давала Антонию покоя насмешками по поводу его жены и упреками, что он подчиняется Октавиану:
Вполне возможно, Клеопатра действительно доказывала Антонию, что он лучше Октавиана, или критиковала его жену. Но скорее всего, она старалась сделать его жизнь настолько приятной, чтобы с ней он чувствовал себя лучше, чем в обществе Фульвии. Плутарх описывает многочисленные приемы и пиры, которые она устраивала в его честь в то время и позднее. Зимой Клеопатра забеременела, и отцом ребенка, несомненно, был Антоний.
Антоний хотел уехать из Египта весной 40 года до н.э. но был вынужден сделать это еще в феврале (или в начале марта) из-за скверных новостей. Парфяне, вместо того чтобы ожидать нападения римской армии, сами решились вторгнуться в пределы Римской империи. Царевич Пакор отправился в поход на Сирию, а изменник, бывший республиканец Лабиен, поддержанный парфянами, вторгся в Малую Азию. И того и другого поддержала часть местных жителей в римских провинциях.