В этой надписи не упоминается отец Клеопатры, и, возможно, к тому времени его уже не было в живых, однако Клеопатра скрывала это обстоятельство, а его отсутствие могла тогда удовлетворительно объяснить тем, что он болен. Не упоминается и ее сводный брат, Птолемей XIII, однако, если отец был тогда жив, сын не мог являться соправителем сестры. Но и в более поздней надписи, от 28 августа, упоминается одна Клеопатра. Римлянин Марк Целий Руф в письме к Цицерону уже отмечает, что Птолемей скончался, объявив в завещании соправителями дочь и сына; однако народ боялся, что Клеопатра оттеснит своего несовершеннолетнего брата от власти. Указанная надпись свидетельствовала, что эти опасения не были беспочвенными. Такое нарушение воли отца Клеопатра могла бы объяснить тем, что в изменившейся политической ситуации не имело смысла сохранять двоевластие. Правление несовершеннолетнего брата требовало создания регентского совета, который не только диктовал бы свей условия ее брату, но стал бы вмешиваться и в ее дела. Царица давала понять, что если по закону ей и положен соправитель, то это – чистая формальность, которую не следует принимать всерьез. В отличие от других цариц своей династии она даже монеты чеканила только со своим изображением и именем. Однако эти предшественницы вовсе не были мягкосердечными и не склонны были уступать власть другим. Часто они, как, например, жена и сестра Птолемея II, Арсиноя II, или жена Птолемея III, Береника II, напротив, отличались властолюбием и жестокостью. Но Клеопатра, в своей решимости установить единоличную власть, зашла, пожалуй, дальше предшественниц.
Однако уже в самом начале у Клеопатры возникли на этом пути серьезные непредвиденные трудности, вызванные внешними обстоятельствами. Незадолго до того, в 53 году до н.э. римляне потерпели тяжелое поражение от своего соседа и соперника – от Парфянского царства. Красс, коллега Помпея и Цезаря по триумвирату, был наголову разбит парфянами на их территории и погиб. Римляне опасались теперь, что парфяне вторгнутся в пограничную римскую провинцию – Сирию. Это действительно произошло в 51 году до н.э. хотя, к счастью для римлян, силами небольшого парфянского войска. Однако вновь назначенному наместнику Сирии Марку Кальпрунию Бибулу пришлось решать проблему парфянского вторжения. Ему недоставало людей, и он возлагал надежды на римский гарнизон в Египте, оставленный Габинием и доставшийся в наследство Клеопатре. Бибул послал в Египет двоих сыновей, чтобы вести переговоры об этом, но габинианцам вовсе не хотелось отправляться в Сирию на войну. Они не только отказались подчиниться сыновьям Бибула, но и убили их. Клеопатра арестовала убийц и в цепях отослала их к Бибулу. Это было опасно, так как могло вызвать бунт габинианцев, который могли поддержать влиятельные противники проримской политики в самой Александрии. Правда, Бибул отказался наказать убийц, заявив, что это дело должен рассматривать римский сенат, однако риск для самой Клеопатры от этого меньшим не стал.
Клеопатре в это время было девятнадцать лет, и она, не пожелав вводить регентский совет, пользовалась советами своего главы правительства, некоего Протарха. Но у последнего и без того хватало забот и тревог. Папирусы того времени говорят о политической напряженности в стране, связанной с неурожаем (или усугубленной им). Один из папирусов, датированный 27 октября 50 года до н.э. представляет собой царский указ, запрещающий ввоз зерна из Среднего Египта в Верхний или Нижний Египет; все собранное зерно должно было отправляться в Александрию. Указ угрожал нарушителям конфискацией имущества или даже смертной казнью и сообщал о наградах за доносы. Ясно, что неурожай создавал угрозу голода в Александрии. Но в это время должно было случиться и что-то еще очень важное, потому что в указе упоминалась не одна Клеопатра, как обычно, а «царь и царица», то есть Клеопатра и ее брат Птолемей XIII. Есть и другие папирусы, относящиеся к третьему году правления Клеопатры (50 – 49 гг. до н.э.), которые подтверждают правильность нашего заключения. Там появляется формулировка о «третьем годе, который также является первым». Третий год относится к Клеопатре, но «первый» – к Птолемею XIII. Ясно, что Клеопатра, чье положение пошатнулось в результате кризиса, связанного с убийством сыновей Бибула, вынуждена была признать мальчика соправителем согласно завещанию отца. То, что это сделано только два года спустя, можно было официально объяснить малолетством соправителя Клеопатры. Но это означало тогда серьезное ослабление позиций царицы.