Войско Птолемея XIII было в это время сосредоточено на египетской восточной границе, примерно в тридцати милях от Пелусия. Основу его составляли габинианцы, оставшиеся в Египте после отсылки части их товарищей в распоряжение Помпея. Они не простили Клеопатре выдачи убийц сыновей Бибула. Но у царицы было также много влиятельных врагов среди греко-египетской знати в Александрии. Для этого было по крайней мере две причины. Во-первых, Клеопатра, как и ее отец, проводила ненавистную этой знати проримскую политику. Во-вторых, Клеопатра, в отличие от своего единокровного брата, была совершеннолетней и имела собственную волю. Птолемей не мог бы помешать знати и регентскому совету делать все, что они найдут нужным. Клеопатра же вполне могла вообще обходиться без регентского совета, а воли и решительности ей уже тогда было не занимать. Поэтому военные и политики сплотились против Клеопатры, вокруг ее несовершеннолетнего единокровного брата, за которого, по словам Цезаря, «действовали его родные и друзья».
В эпоху Птолемеев царский двор был пышным и великолепным. Многочисленные придворные и сановники отличались друг от друга по цвету одежд и особым знакам различия. На вершине этой иерархии стояли «родственники» царей, включая их «почетных родственников», которых цари именовали «братьями» или даже «отцами». За ними следовали «первые друзья» и далее – просто «друзья». Все эти категории и подразумевал Цезарь, когда говорил о «родных и друзьях» малолетнего Птолемея. Почти все «родственники», «первые друзья» и «друзья» были греческого или македонского происхождения. Египтян, не считая жрецов, при дворе было немного, и они также обычно одевались в греческом стиле.
Среди «родственников» самыми важными были царские министры. Глава правительства именовался «управляющим», так как подразумевалось, что вся страна – как бы огромное царское имение. Он управлял делами этого «имения» через своих министров, сам же находился под контролем царя.
Начиная со II века до н.э. возникла в Египте традиция назначать евнухов на министерские должности. С глубокой древности в восточных монархиях евнухи не только были ответственными за гаремы, но и играли роль царских дворецких. Их конфиденциальное положение приводило к тому, что они могли в ряде случаев получать большую власть и влияние. Птолемеи также сочли возможным во многих случаях полагаться на евнухов. От них не могли родиться незаконные дети, возможные претенденты на престол, а неприязнь и насмешки, которым их подвергали окружающие, могли бы воспрепятствовать их попыткам захватить власть для себя. Поэтому Птолемеи, как и другие эллинистические государи, бывало, назначали евнухов не только военачальниками (первый такой случай – некий Аристоник, выдвинутый на такую должность в 186 г, до н.э.), но даже и первыми министрами. Как правило, они были по происхождению греками, но иногда на этот пост ставили и эллинизированных азиатов. Обычно (если это не были особо влиятельные лица) первые министры правили в течение года, подобно римским консулам, хотя на должность главы правительства могли повторно назначить то же лицо. К сожалению, нам неизвестны имена всех, кто занимал должность первого министра в правление Клеопатры. В 52 – 51 годах до н.э. в самом начале ее правления, главой правительства был некий Гефестион. (Возможно, он же возглавлял правительство в 54 г, до н.э. во времена господства римского финансиста Постума.) Следующим первым министром, возглавлявшим правительство в период кризиса, связанного с убийством сыновей Бибула, был Протарх. В 49 – 48 годах до н.э. когда Клеопатра, вероятно, была низложена, правительство возглавлял какой-то Птолемей (может быть, вовсе не представитель династии).
Однако самым видным политиком этого времени был Потин, один из наиболее последовательных врагов Клеопатры. Он стал следующим первым министром, а до того уже был председателем регентского совета, что было более высокой должностью. Председатель этого совета входил в число немногих лиц, традиционно носивших особенно почетный титул «воспитателя царя», связанный с культом Диониса, который играл огромную роль в развитии официальной религии Египта, включая обожествление монархов.
Между тем в Риме стремительно развивались грозные события. После того как Цезарь подчинил себе Италию, его войска совершили успешное вторжение в Испанию, затем он двинул свое войско на Балканы, чтобы начать войну с Помпеем. 9 августа 48 года до н.э. в Фессалии при Фарсале состоялось решающее сражение. Помпей потерпел сокрушительное поражение и бежал. Он теперь нуждался в новой базе для продолжения военных действий и решил обратить внимание на Египет, в то время формально независимый, но бывший союзником Рима, тем более что Помпей считался официальным опекуном Птолемея XIII. Помпей надеялся, что ему удастся сделать ядром своего войска габинианцев, поскольку сам Габиний был одним из сторонников Помпея. Привлекали его, конечно, и богатства Египта.