Большинству Государственного совета приходилось координировать свои усилия. Для этого барон Николаи был вызван к великому князю Михаилу Николаевичу. Туда были приглашены А. А. Абаза, Е. П. Старицкий и А. А. Половцов. Николаи обещал на следующем заседании департамента поставить принципиальный вопрос о сословном характере проектировавшегося института земских начальников. 17 декабря сценарий заседания недельной давности практически повторился. На этот раз проект Толстого поддержали Островский и Мансуров. Оппонировали ему Сольский и Николаи. Толстой не выдержал и прервал Николаи, то есть председателя Департамента законов, что поставило того в тупик. Абаза на это отреагировал: «Когда один член прерывает другого, то председатель его останавливает, но когда председателя прерывают, то его положение очень трудное». Толстому пришлось извиниться. В конце заседания прошло обещанное Николаи голосование – за или против сословного характера власти земского начальника, который, согласно проекту Министерства внутренних дел, должен был ведать исключительно крестьянскими учреждениями. За концепцию Толстого проголосовали четыре министра и два члена Государственного совета, против же – 18 их коллег. Причем мотивы голосования тех, кто поддержал Толстого, были разными. Например, министр юстиции Н. А. Манасеин рассчитывал таким образом провалить законопроект. По его мнению, земский начальник, обладавший исключительной властью над крестьянами, лишался всякого смысла. Схожим образом рассуждали М. Н. Островский и К. П. Победоносцев. Они напоминали, что Толстой – на пороге смерти и не смог бы взяться за значительную реформу. Следовательно, то, что им было задумано, нужно было утвердить, но в тех скромных пределах, которые были обозначены в самом проекте.
Тем не менее меньшинство (а точнее, сам Д. А. Толстой) чувствовало себя довольно уверенно. Были все основания полагать, что император согласится с министром внутренних дел и его проектом. Ведь в течение года Толстой в ходе докладов императору сообщал ему все подробности, связанные с подготовкой законопроекта, и Александр III одобрял работу своего министра. Более того, государь призывал Толстого производить разногласие, если Государственный совет не согласился бы с проектом. В этом случае император гарантировал свою поддержку. В беседе с великим князем Михаилом Николаевичем Александр III буквально повторял слова Д. А. Толстого, постоянно ссылался на него. Ведь если не принять в самом скором времени закон о земских начальниках, то, по сведениям Министерства внутренних дел, всю Россию охватят крестьянские бунты. Государственный совет, который мешал проведению столь нужной меры, вызывал раздражение императора.
Министры продолжали вести свою линию. Островский, бывший в начале января на приеме у Александра III, убеждал его (и, казалось, убедил) ввести институт земских начальников в качестве эксперимента в трех-четырех губерниях на два-три года. Действительно, впоследствии земские начальники вводились в губерниях не одномоментно.
Новое заседание Государственного совета прошло 16 января 1889 г. Его «сценарий» не отличался новизной. Большинство нападало на проект Министерства внутренних дел, а Толстой отчаянно отбивался, не желая никого слушать. Вновь звучала мысль о необходимости перестройки всего местного управления, а не его отдельных элементов. Вспоминали прежний административный опыт, не учтенный Толстым. Его проект защищал лишь Островский, и то весьма оригинальным способом. Он доказывал, что все действительно спорные пункты можно было с легкостью выбросить из документа. Следуя этой логике, А. А. Абаза и Е. П. Старицкий предложили не голосовать по проекту, а вносить изменения, обсуждая текст по параграфам. Толстой высказался против и настоял на голосовании. В его пользу высказалось тринадцать членов Государственного совета. 39 были против. Император в беседе с великим князем Михаилом Николаевичем даже порицал Толстого за это разногласие, вроде бы соглашаясь с тем, что следовало рассматривать проект по параграфам. Противники министра внутренних дел как будто бы могли праздновать победу. Однако в действительности победил министр Толстой.
28 января царь как будто бы утвердил мнение меньшинства. Более того, своей резолюцией император упразднил мировой суд, передавая его полномочия земским начальникам и волостным судам, что было давним потаенным желанием Д. А. Толстого. Это решение Александра III обозначало то, что концепция проекта была бесповоротно принята. Государственному совету оставалось лишь обсуждать детали этого документа. Фактически в этот раз император утвердил мнение ни большинства, ни меньшинства, а свое собственное. По словам великого князя Михаила Николаевича, «граф Толстой нас оседлал». Такое решение возмутило многих. Победоносцев в возбуждении ходил из угла в угол по своему кабинету и настаивал на отставке великого князя Михаила Николаевича, который лишь таким образом мог выразить свой протест. А. А. Половцов, узнав о таком исходе дела, не мог в тот день заснуть.