Ухудшилось также международное положение казацкого государства. Уже русско-польское перемирие 1656 г. показало, что для России Украина является предметом торга с Польшей в тяжбе о ревизии Поляновского мира (1634), а ее конечная цель — аннексия Украины под выгодным идеологическим обоснованием — защиты православных русинов. Ограничения автономии, навязанные очередным гетманам царем Алексеем, склоняли казацкую элиту к поиску поддержки в Польше. Результатом была Гадячская уния 1658 г. Ее творцы И. Выговский и кальвинист по вероисповеданию магнат Юрий Немирич выработали концепцию Княжества Русского, как третьего равноправного члена Речи Посполитой. По условиям унии, польский король согласился принять титул Великого князя русского наравне с титулом Великого князя литовского. В княжестве власть оставалась в руках гетмана как киевского воеводы и первого сенатора. Все институты Русского Княжества напоминали шляхетскую автономию. Падение унии произошло из-за разногласий среди казачества. Для большинства соглашение с Польшей явилось отходом от идеалов казацкой революции и жертв 10 лет упорной борьбы. Рядовые казаки, поддержанные Московией, не примирились с возвратом в Украину польской сословной системы, и выбрали на должность гетмана Ю. Хмельницкого. Вспыхнула внутренняя война, но Ю. Хмельницкому не хватило сил и способностей для сдерживания хаоса. После неудачного польского умиротворения Украины 1660 г. государство распалось на два гетманства. При поддержке Запорожской Сечи, где возродилось независимое братство, и России в должность гетмана Левобережной Украины вступил И. Брюховецкий. На Правобережье Польша отдала булаву П. Тетере. Началась борьба между двумя гетманствами за их объединение, которая велась до 1667 г., когда Польша и Россия, ожидая турецкого нашествия, разделили Украину между собой по линии Днепра. Андрусовское перемирие передало Левобережье и Киев России, Правобережье — Речи Посполитой, Запорожье стало кондоминиумом обеих сторон, а фактически было под контролем России. Казаки не признали раздела и под руководством П. Дорошенко начали борьбу за воссоединение обеих сторон Днепра под протекторатом Турции. Как писал З. Когут, иностранные войска, несколько противоборствующих казацких армий, классовые антагонизмы между крестьянами, рядовыми казаками и элитой бросили Украину в омут анархии (Когут 1996: 36).
Правобережье подверглось сплошному опустошению, остаток населения изгнали на Левобережье. В Запорожье Сечь выделилась в полусамостоятельную республику, лавирующую между Россией, Крымом и Польшей. Гетманство существовало на Левобережье под контролем России. Пока длилась турецкая оккупация Подолья (1672–1699), Речь Посполитая содержала небольшие части реестрового Войска Запорожского на Правобережье, но кроме названия оно ничем не напоминало казацкие войска эпохи Хмельницкого. После Карловицкого мира 1699 г. сейм упразднил Войско Запорожское в Речи Посполитой. Сопротивление наказного гетмана Самуся и полковника С. Палея спровоцировало последнее казацкое восстание в Польше 1702–1704 гг., которое использовал гетман Левобережья И. Мазепа (1687–1709) для занятия некоторых городов на правом берегу Днепра и во время Северной войны предпринял последнюю попытку отвоевать независимость Украины при поддержке короля Швеции Карла XII. Полтавское поражение и смерть Мазепы в 1709 г. положили конец борьбе казаков за свое государство. Выступление Мазепы в союзе с кошевым атаманом К. Гордиенко дало Петру I повод для разрушения Запорожской Сечи. Просуществовало еще гетманство (укр. Гетманщина) на Левобережье, официально называемое Малороссией — автономная часть Российской империи.
Наследие. Малороссия, гетманство Левобережья, стала колыбелью украинского национального сознания. Украинцы считают Гетманщину непосредственным наследником государственности, созданной Б. Хмельницким. Это не совсем точно по данным исторической науки, по которой в XVIII в. вследствие бурных перемен в Малороссии возникла новая общественная структура и система правления, отличающаяся от русской и польской. Украинские «права и вольности» основывались на этой новой структуре, используя некоторые институты и традиции казацкого гетманства, а также политические взгляды и мифы его элиты (Когут 1996: 37).