В Линце его встретил совсем другой научный и культурный климат, а также религиозная нетерпимость. Идеи ученого оспаривали кальвинисты или паписты. В лютеранской церкви ему отказали в причастии из-за неортодоксальных взглядов. Как мы знаем, Кеплер был лютеранином, при этом он искренне следовал призывам самого Лютера, который, в соответствии с доктриной свободы воли, был сторонником свободной и индивидуальной интерпретации Библии. Однако более консервативные братья по вере заставляли ученого отказаться от личных религиозных убеждений под угрозой исключения из общины. Кеплер глубоко страдал, но не сдался. Он не хотел отрекаться от воззрения (которое, кстати, разделял с папистами), что Иисус Христос не обладает даром вездесущности. Сегодня это может показаться преувеличением, ведь вера или неверие в вездесущность не кажется посягательством на первоосновы. Однако братья во Христе советовали Кеплеру посвятить себя математике и забыть о религиозных вопросах. Так и вышло, что этот человек, который искал согласия между всеми христианами, был объявлен вне закона и кальвинистами, и католиками, и лютеранами. Как тут не вспомнить Эразма Роттердамского, который говорил, что единственное, с чем согласились бы католики и протестанты, так это с тем, что его следует сжечь.
Обычно считается, что главным вкладом Кеплера в копилку науки были три его закона о планетарном движении. Однако мы обязаны ученому гораздо большим: он стал первым, кто оставил идею о том, что понять Вселенную означает найти геометрическую конфигурацию, которая воспроизводила бы движение небесных тел. Кеплер также стал первым, кто попытался познать астрономию как часть физики и хотел понять не только как двигается Вселенная, но и почему. Многие его мысли предвосхищают идею тяготения Ньютона, и кажется, что именно он проложил дорогу теории всемирного тяготения. Кеплер умер в 1630 году; Ньютон родился в 1643-м.