Евангелие от Фомы создавалось в два приёма. Первая его редакция относится ещё к 60-м годам I века и принадлежит к числу самых ранних христианских текстов. Спустя полстолетия это Евангелие было дописано: к нему добавили ряд новых высказываний Иисуса, причём некоторые уже являлись не точным воспоминанием о том, что Иисус сказал, а философской разработкой его учений. Здесь для историка ещё более остро, чем в случае с каноническими Евангелиями, стоит вопрос: как отличить подлинные слова Иисуса от поздних добавлений?
Евангелие от Фомы вышло из кругов философско-мистической школы, в чём-то близкой Иоаннову кругу (см. выше). Главное отличие состояло в том, что Иоанново направление брало всё больший курс на христоцентризм: иными словами, фигура Иисуса обретала для него центральную значимость. Фомино христианство также глубоко чтило Иисуса, но в нём Иисус мыслился скорее как Учитель. Евангелие от Фомы говорит не столько о божественности самого основателя христианства, сколько о том, как его учение позволяет людям раскрыть сокрытый в них божественный свет, преодолеть внутренние и внешние конфликты и противоречия, сделать Землю более приятным и гармоничным местом для жизни. Открытие его в XX веке позволяет увидеть доселе малозаметные мосты раннего христианства с индийской мистикой. Пропасть между этими мирами, ранее казавшаяся бездонной и непреодолимой, оказалась преодолимой.
4. Евангелие от Марии
В течение полутора тысячелетий Евангелие от Марии пребывало в полном забвении: цитаты и ссылки на него в известной нам раннехристианской литературе отсутствуют, а текст долгое время был потерян. Лишь в 1896 году немецкий учёный Карл Рейнхардт купил в Каире древнюю рукопись, содержащую большой фрагмент с коптским переводом этого Евангелия. Рукопись относится к началу V века. В течение XX столетия стали известны также два маленьких фрагмента из греческого оригинала, относящиеся к началу III века н. э.
К сожалению, плохая сохранность текста не даёт возможности судить о нём сколько-нибудь подробно. Можно выделить два момента. Во-первых, текст философски ориентирован: первая его часть представляет собой рассуждение о природе и конечных судьбах материи, вложенное в уста Воскресшего. Рассуждение проникнуто влиянием платонизма. Во-вторых, текст заострён на гендерную проблематику: он касается женских ролей в Церкви. Как замечает гарвардская исследовательница Карен Кинг, с точки зрения автора этого Евангелия, основа для лидерства лежит только в духовной зрелости человека, а не в эфемерных и вторичных вещах вроде его половой принадлежности. Иными словами, вопрос о том, кому подобает встать во главе церковной общины — мужчине или женщине, — необходимо решать только исходя из индивидуального достоинства или недостоинства, а не отдавая автоматически предпочтение кому-либо на основании пола. Пользуясь современной терминологией, можно сказать, что автор выступает за женское рукоположение. Неслучайна поэтому видная роль Евангелия от Марии в современном феминистском движении.
Представляет ли этот текст историческую ценность как свидетельство об Иисусе из Назарета? Пожалуй, да, но весьма ограниченную: слишком уж поздно оно написано (в начале или середине II века), и слишком уж большую долю творческой фантазии проявил его автор. Философские выкладки о материи, скорее всего, недостоверны, как и описания бесед Марии Магдалины с другими учениками Иисуса. Тем не менее заслуживают доверия сведения о важной роли Магдалины как одного из ближайших к Иисусу людей и как одного из наставников первохристианской общины.
5. «Гностические» Евангелия
Некоторые неканонические Евангелия написаны с философских позиций гностицизма или близких ему взглядов.