Согласно следственному делу, царевич после обедни вышел поиграть на заднем дворе. «И тешился с робяты, играл через черту ножом», – рассказал родственник царицы Андрей Нагой. «В тычку ножиком», – подтвердили жильцы царевича, его товарищи по игре.
И тут на царевича пришла <…> черная болезнь, и бросило его о землю, и тут царевич сам себя ножом поколол в горло, и било его долго, да туто его не стало, —
заявила мамка царевича Василиса Волохова, находившаяся рядом с ребенком. Кормилица Арина Тучкова также находилась рядом и «царевича взяла к себе на руки, и у нее царевича на руках и не стало». Тучкова единственная из свидетелей заявила о своей вине в гибели царевича – о недосмотре:
она того не уберегла, как пришла на царевича болезнь черная, а у него в те поры был нож в руках, и он ножом покололся.
Однако мать ребенка царица Мария Нагая обратила свой гнев на мамку Волохову, а не на кормилицу. По свидетельству самой Василисы Волоховой, царица
сбежала на двор, и почала ее, Василису, царица Марья бити сама поленом, и голову ей пробила во многих местах, и почала ей, Василисе, приговаривать, что будто се сын ее, Василисин, Осип, с Михайловым сыном, Битяговского, да Микита Качалов царевича Дмитрея зарезали.
Царица Мария приказала звонить в колокола на соборной колокольне, на царский двор побежали люди – посадские и «казаки» с судов (портовые рабочие). Одними из первых оказались на месте братья царицы, Михаил и Григорий Нагие. По приказу царицы Григорий Нагой продолжил избивать поленом Василису Волохову, и тут на месте происшествия появился дьяк Битяговский. Узнав, в чем дело, он потребовал от Михаила Нагого, чтобы тот «унял шум и дурна которого не сделал», в ответ Нагой и царица приказали убить Битяговского и его родственников, которых обвинили в убийстве царевича. Были убиты дьяк М. М. Битяговский, его сын Данила, племянник Битяговского Никита Качалов, некий Данила Третьяков, сын мамки Осип Волохов и несколько слуг. Убили даже юродивую, которая жила у Битяговского и ходила во дворец. Царица обвинила ее в том, что та наводила порчу на царевича. Погром сопровождался грабежом имущества Битяговского и казенных денег. Вдову и дочерей дьяка спасли от расправы воскресенский архимандрит Феодорит и алексеевский игумен Савватий, а мамку Волохову посадили под арест.
Спустя несколько дней М. Ф. Нагой призвал к себе городового приказчика Русина Ракова и велел ему положить на тела Битяговского и других убитых ножи и палицу, измазав оружие куриной кровью, «для того, что де будто се те люди царевича Дмитрея зарезали…» Состоялась эта наивная имитация 19 мая. К тому времена тела убитых все еще валялись в городском рву. Вечером того же дня в Углич прибыла из Москвы следственная комиссия, которая привлекла к следствию 140 человек. В ходе ее работы были выдвинуты две версии смерти Дмитрия Угличского.
Первая – о «самозаклании» царевича во время приступа «черной» болезни (эпилепсии); вторая – об убийстве царевича Осипом Волоховым, Никитой Качаловым и Данилой Битяговским. Озвучил версию об убийстве и твердо ее придерживался один М. Ф. Нагой. Даже его родной брат Григорий дал показания, что царевич
набрушился сам ножом в падучей болезни и, что и преж того на него болезнь была; а как они пришли, а царевич еще жив был и при них преставился.
Их родич Андрей Александрович Нагой показал, что увидел царевича уже мертвым, «а сказывают, что его зарезали, а он того не видал, кто его зарезал». Как уже говорилось выше, в деле нет показаний главного свидетеля и действующего лица – царицы Марии Федоровны. Есть предположение, что членам комиссии было непозволительно допрашивать вдову Грозного, которая могла давать показания только перед царем и патриархом.
Выслушав выводы комиссии, патриарх Иов и церковный собор постановили, что «царевичю Дмитрею смерть учинилась Божьим судом», а Михаил Нагой и его родичи виноваты в преступлении: «велел побити напрасно умышленьем» государева дьяка Битяговского и других людей. Приговор был утвержден царем, Нагих отправили по тюрьмам и в ссылку, царицу Марию постригли в монахини и послали в дальний монастырь, многих угличан выслали в сибирский город Пелым (упоминаются 60 семей; впоследствии большинство из них вернул из ссылки Лжедмитрий I). В Сибирь отправили и угличский набатный колокол, который высекли плетьми, вырвали ему язык и урезали «ухо».