Нагие жили в Угличе, старинном удельном центре, который до 1563 года находился во владении младшего брата Ивана Грозного, глухонемого Юрия Васильевича. Жил Юрий в Москве, а Угличским уделом управляли его доверенные лица. В 1563 году князь Юрий Васильевич умер, и Углич вернулся во владение государя, а затем был выделен в удел младшему сыну Грозного. Царевич и его родня Нагие поселились в палатах XV века, выстроенных князем Андреем Большим Угличским, младшим братом Ивана III, умершим в тюрьме, куда его отправил брат-самодержец. На обеспечение удельного двора шли доходы из Углича и уезда. Однако Нагие не были полновластными распорядителями в своем княжестве. Над ними был установлен надзор со стороны дьяка Михаила Битяговского, который контролировал удельные финансы и приглядывал за Нагими, чтобы те не учинили никакой крамолы. Нагие ненавидели Битяговского, в котором справедливо видели агента Годунова. Тем более что родственников царицы было в чем упрекнуть. После смерти царевича и убийства Битяговского его вдова жаловалась, что Нагие убили ее мужа «по недружбе» – тот неоднократно бранился с Михаилом Федоровичем Нагим
за то, что тот добывает безпрестанно ведунов и ведуний к царевичу Дмитрию; а ведун, государь, Ондрюшка Мочалов, тот безпрестанно жил у Михаила, да у Григория (Нагих), да у Ондреевой жены Нагово у Зеновьи; и про тебя государя и про царицу Михайло Нагой тому ведуну велел ворожити, сколько ты, государь, долговечен и государыня царица… (Следственное дело 1591 года).
Такая ворожба была на грани более страшного преступления – порчи, – однако Нагих почему-то не трогали. Внешне отношения между дворами были благополучными. Из Москвы посылали подарки царевичу и его матери на именины (19 октября – день памяти Уара Египетского), а из Углича ко двору привозили пироги. Однако в столице принимали свои меры: англичанин Д. Флетчер сообщает, что имя царевича запретили поминать во время церковных служб, распространялись слухи о невероятной жестокости, которую мальчик унаследовал от отца, поминалось его «незаконное» происхождение. По словам того же Флетчера, на жизнь царевича были совершены покушения:
как слышно, жизнь его находится в опасности от покушений тех, которые простирают свои виды на обладание престолом в случае бездетной смерти царя. Кормилица, отведавшая прежде него какого-то кушанья, как я слышал, умерла скоропостижно.
Впрочем, сам англичанин указывает, что источник его сведений – слухи. Поздняя традиция приписывает Годуновым неудачные попытки организации убийства царевича: якобы дворянам В. Ф. Загряжскому и Н. П. Чепчугову предлагали убить Дмитрия, но те отказались[8]. Таким образом, обстановка вокруг наследника была накалена, своим существованием он портил благостную картину годуновского правления при царе Федоре. Смерть царевича Дмитрия Угличского, которая произошла при загадочных и драматических обстоятельствах, еще более усложнила ситуацию.
Основным источником сведений о трагедии, которая произошла в Угличе 15 мая 1591 года, является следственное («обыскное») дело. Оно велось особой комиссией, расследовавшей смерть царевича и последовавший за ней мятеж в Угличе. Комиссия, присланная из Москвы, состояла из крутицкого митрополита Геласия, боярина и князя В. И. Шуйского, окольничего А. П. Клешнина и дьяка Е. Д. Вылузгина. Присутствие князя Шуйского как будто должно было гарантировать независимость следствия: князь Василий Иванович принадлежал к боярской партии, враждебной Годуновым. Вместе с тем Шуйский состоял в родстве с правителем (его брат князь Дмитрий являлся свояком Бориса), был тонким дипломатом и ловким царедворцем. Шуйский также имел опыт следственной работы: в 1584–1585 годах он руководил Судным приказом. Клешнина принято считать человеком Годунова, однако он был дядькой (воспитателем) царя Федора Ивановича. Возможно, инициатором его включения в состав комиссии был государь, который доверял Клешнину.
Многие историки ставили объективность следствия под сомнение, указывали на его неполноту (например, отсутствие допроса царицы Марии Нагой), палеографические странности (листы перепутаны местами, основная часть дела – переписанный беловик), а также неснятые противоречия между показаниями. В поздних источниках сохранились сведения о том, что следователи (особенно Клешнин) давили на допрашиваемых и запугивали их.