Оценить, сколько людей проживало в Московском государстве в конце XVI века, крайне трудно из‐за того, что демографической статистики в то время не существовало. Первый более-менее точный и подробный учет населения начали вести при Петре I, однако и тогда учитывали только налогоплательщиков-мужчин, а не всех жителей страны. Для того чтобы получить представление об общей численности, можно прибегнуть к экспертным оценкам. Согласно вычислениям специалиста по исторической демографии Ярослава Евгеньевича Водарского, население России в конце XVI века составляло 7 млн человек обоего пола. Подавляющее большинство жителей были крестьянами. Установить соотношение между разными сословными категориями возможно только по аналогии с более поздним периодом. По Я. Е. Водарскому, в 1678 году крестьян насчитывалось 91,4 %, податных городских жителей 4,7 %, феодалов, духовенства и чиновников 3,8 %. В 1719 году эти цифры были следующими: 87,2 %, 4 % и 8,7 %. Для рубежа XVI–XVII веков основные объемы цифр, скорее всего, сопоставимы с 1678 годом, но численность представителей привилегированных сословий, вероятно, была меньше.
Наиболее населенной частью страны было Замосковье, а крупнейшим городом – Москва: в конце XVI века в столице проживало около 100 тысяч человек.
Город был разделен на несколько районов линиями крепостных стен и рек. Священным центром Москвы был Кремль – историческое ядро столицы, кирпичная крепость, возведенная итальянскими мастерами при Иване III. Здесь находились главные соборы, наполненные святынями и являвшиеся местом упокоения святопочивших московских святителей и благоверных правителей прошлого. Кремль был резиденцией царя и патриарха, местом обитания бояр, средоточием администрации (здесь находилось общее здание всех центральных учреждений – приказов). Крепость была построена в середине XII века на мысу при слиянии рек Москвы и Неглинной. После завершения строительства каменного Кремля при Иване III с восточной стороны прорыли Алевизов ров, соединявший Неглинную и Москву. В XVI–XVII веках он то наполнялся водой, то высыхал. Некоторое время при Иване Грозном и его преемниках в этом рву располагался своеобразный московский зверинец – здесь держали львов.
С восточной стороны к Кремлю примыкал торгово-ремесленный посад, а под стенами расположилась крупнейшая торговая площадь, носившая в XV–XVI веках название Торг, во второй половине XVI – первой половине XVII века – Пожар, а со второй половины XVII века – Красная площадь. В 1533–1538 годах посад был защищен линией крепостных стен, носивших название Китай-город. От них получил это наименование и весь район посада.
Вокруг Кремля и Китай-города полукольцом расположились укрепления Белого города (1586–1591)[5], названные, скорее всего, по цвету стен. Строительство Белого города, который в источниках именуется также «Царевым Белым городом», вел зодчий Федор Конь. Скорее всего, общее руководство этими работами, как и другими масштабными строительными проектами, осуществлял Борис Годунов.
За пределами Белого города оказались ремесленные окраины и территория за рекой Москвой – Замоскворечье. После набега крымского хана Казы-Гирея в 1591 году были построены стены, замкнувшие город кольцом деревянно-земляных укреплений (1591–1592). По характеру постройки они именовались Земляным, или Деревянным, городом, а за скорость возведения – Скородомом.
Иерархия московских градов носила ярко выраженный социальный характер. От Кремля, где жили царь, патриарх и бояре, до окраин Земляного города, где обитали простые горожане («тяглецы»), мелкие ремесленники, ямщики, стрельцы, огородники, слобожане, все более и более росла численность жителей и, напротив, уменьшалось социальное значение каждого. Таким образом, Москва представляла собой своеобразную пирамиду, вершиной которой был Кремль, а подножиями – обширные «загородья» вокруг Земляного города. Кремль являлся аристократическим районом, в Китай-городе соседствовали дворяне, приказные люди, торговцы, ремесленники и духовенство, Белый город населяли те же сословия, а Земляной город – посадские люди, жившие в черных и белых слободах. Белых слобод в Москве было много. Большинство из них работали на государя и царский столовый обиход. Социальная иерархия выражалась и в пространственном отношении. По подсчетам историка Москвы П. В. Сытина, в конце XVI века Кремль занимал площадь 27,5 га, Китай-город – 63 га, Белый город – 451,5 га, Земляной город – 1344 га.