В конце ноября семья вылетела из Боготы во Франкфурт. В дело вмешались американские службы. Германия отказала им во въезде. Их сопроводили на обратный рейс в Колумбию. 29 ноября правительство перевезло семью из аэропорта в квартиру в Боготе — это было единственное место, где генеральная прокуратура могла гарантировать их безопасность.
Пабло следил за тем, как в новостях транслируются испытания, выпавшие на долю его семьи. Он несколько раз звонил им, пока они находились на встрече с генералами, но, узнав его голос, Хуан Пабло называл его бабушкой, говорил, что с семьей все в порядке, и вешал трубку, опасаясь, что звонки могут быть отслежены.
После встречи семьи с генералами Пабло дозвонился до жены. Плача, Мария Виктория сказала, что он нужен семье, поэтому он должен позаботиться о себе. Он сказал, что смысл его жизни в том, чтобы бороться за них. Он утверждал, что находится в пещере и что самое трудное в их борьбе уже позади.
В отдельном разговоре с сыном Пабло согласился ответить на вопросы СМИ. Несмотря на предупреждения сына о том, что ему нельзя долго разговаривать по телефону, Пабло отказался от дисциплины, которая поддерживала его жизнь на протяжении более двадцати лет. Во время одного из последующих звонков Пабло надиктовал пять ответов. Резко прервав разговор, Пабло сказал, что сейчас перезвонит сыну.
Технология отследила звонок до дома, расположенного рядом с торговым центром. Вооруженные люди нагрянули туда и столпились вокруг, не давая возможности выбраться. Входная дверь была выбита. Первые выстрелы были произведены в пустом гараже, где стояло такси, на котором Пабло ездил по вызовам. Одинокий телохранитель Пабло добрался до крыши, покрытой оранжевой черепицей. От выстрелов с задней стороны дома он упал на траву.
Увидев, что случилось с его телохранителем, Пабло сбросил сандалии и прижался к стене на крыше. Надеясь выбраться на заднюю улицу, он двинулся вдоль стены. Стрельба со всех сторон дома была настолько интенсивной, что вырвала кирпичи и крышу, а некоторые члены рейда решили, что их атакуют телохранители Пабло, и вызвали по рации помощь.
После того как Пабло упал, стрельба прекратилась.
«Это Пабло! Это Пабло!»
Военнослужащие подошли к залитому кровью трупу и перевернули его.
«Да здравствует Колумбия! Мы только что убили Пабло Эскобара!»
«Мы победили! Мы победили!»
В Пабло стреляли три раза. Пуля вошла в бедро над коленом и вышла под коленной чашечкой. Другая пуля вошла под правое плечо и застряла между двумя зубами в нижней челюсти. Третья пуля вошла в правое ухо по центру и вышла перед левым ухом, пробив мозг и мгновенно убив его.
Вопрос о том, кто произвел выстрел, до сих пор остается спорным. В книге «Убийство Пабло» Марк Боуден утверждает, что Пабло был убит блоком «Поиск» после того, как его настигли первые два выстрела. Стрелок, вероятно, стоял над Пабло, и на него попала бы кровь. Стив Мерфи из УБН утверждал, что через несколько часов после смерти Пабло один из членов «Поискового блока» предложил продать его рубашку и брюки за 200 долларов, поскольку они были испачканы кровью Пабло. Спустя годы начальник разведки Национальной полиции Колумбии заявил, что Пабло был убит с близкого расстояния, поскольку никто не хотел рисковать катастрофой, которая могла бы произойти в случае его захвата живым. Он сравнил Пабло с трофеем в конце долгой охоты. Согласно официальным отчетам, сержант, умерший через два года после смерти Пабло, а также начальник полиции и еще один офицер были единственными тремя, кто стрелял в Пабло.
Миф о «добре и зле» в сериале Narcos основан на официальной версии. В нем сын генерала Мартинеса заметил Пабло по телефону и вызвал по рации подкрепление. Военнослужащие и сотрудник Управления по борьбе с наркотиками Стив Мерфи преследовали Пабло в доме. Пытаясь скрыться, Пабло был застрелен солдатом из винтовки. Он лежал на спине, задыхаясь. Затем другой солдат добил его с близкого расстояния. Уходя с места происшествия, Стив Мерфи заметил притаившихся братьев Кастаньо и дона Берну, что едва ли признавало роль, которую сыграли «Лос Пепес» в конце охоты, но давало понять, что произошло гораздо больше, чем в официальном отчете.
Отбывая более 30 лет в федеральной тюрьме за незаконный оборот наркотиков, Дон Берна из группировки Los Pepes написал книгу, которая была опубликована в 2014 году. В книге «Как мы убили босса» он утверждает, что он, его брат по прозвищу Семен и другие члены группировки Los Pepes присутствовали во время рейда. Они сопровождали спецназ по приказу лейтенанта. Когда Пабло выбежал из дома на крышу, Сид прицелился и выстрелил Пабло в голову. Командир и другие солдаты обняли братьев, стреляя в воздух и крича «Вива Колумбия!». Лос Пепесу пришлось уехать до прибытия представителей СМИ, поскольку власти не хотели, чтобы их ассоциировали с печально известным «эскадроном смерти».