Ветеран «С-13» гидроакустик Иван Малафеевич Шнапцев так вспоминает первое появление Маринеско на лодке:
«Базировались мы тогда в Ленинграде. Наша плавбаза „Смольный“ стояла на Неве у левого берега. Было уже известно, что у нас будет новый командир. Стороной о нем команда уже слыхала. Вскоре он появился. Внешне он большого впечатления не производил — небольшого росточка, говорит тихо, нет такой командирской солидности… Наш сдает дела, новый принимает, а команда, известное дело, присматривается. Потом он нас собрал и представился: „Я ваш новый командир, зовут меня Александр Иванович Маринеско, скоро мы пойдем в поход и будем вместе бить врага“. Но по-настоящему понравился нам новый командир при очередной швартовке. Маланченко не умел швартоваться, у нас, как доходит до швартовки, сразу крик, суетня, вся команда наверху, редко когда с одного захода ставили корабль на место. А этот вышел, присел на рубку, тихо скомандовал и сразу поставил лодку впритирочку. Это все оценили: видно молодца по ухватке, сразу понятно — моряк.
Маринеско очень серьезно взялся за дело. Тренировал личный состав по-своему, проводил тут же, на Неве, пробные погружения. К началу навигации лодка была „на товсь!“, дух у команды был боевой, но в 1943 году нас в море не выпустили. Тогда погибли многие: Осипов, Мыльников… Смерть своего друга Мыльникова командир пережил очень тяжело.
За время учений и тренировок мы узнали и полюбили Александра Ивановича. Как человек он был очень хороший. Держался по-товарищески, распекать не любил, но дисциплину держал крепко, такому на шею не сядешь, умел и на место поставить. Бывало, идет по лодке, смотрит, как люди работают, чистят, драят, если ему что не по душе, то иногда и не скажет, а только глянет и вздохнет, а матрос уже сам понимает, в чем у него непорядок. Во время учебных тревог и погружений был исключительно четок, собран. Когда мы ходили по Неве, мастерски провел лодку под неразведенным мостом, был слух, что его за это отругали, но лиха беда — начало, после него и другие стали ходить».
Пока экипаж изучал командира, командир не терял времени — он изучал экипаж. Командиры боевых частей ему достались проверенные в бою — минер Константин Емельянович Василенко, инженер-механик Георгий Александрович Дубровский. Штурман Николай Яковлевич Редкобородов пришел на лодку недавно, но тоже производил надежное впечатление. Среди матросов и старшин много первоклассных специалистов. А вот со своими ближайшими помощниками, замполитом и старпомом, Александр Иванович общего языка не нашел, и потребовалось немало дипломатических усилий, чтобы, не доводя дело до конфликта, получить вместо них таких людей, с которыми у него установилось полное взаимопонимание. Вместо прежнего заместителя пришел Борис Никитич Крылов. Он немного не дожил до встречи ветеранов «С-13» 1978 года, и я искренне жалею, что не мог познакомиться с ним, о нем вспоминали с большим уважением. Говорят, уйдя в отставку, он писал воспоминания о походах «С-13», но след их затерялся.
Со старпомом было сложнее. Вместо ушедшего в морскую пехоту помощника прислали нового, с другого флота, и с ним у Маринеско отношения сразу же не заладились. Об этом мне забавно рассказывал Иван Малафеевич Шпанцев. У акустиков острый слух, а рубка акустика помещается в командирском отсеке, и он волей-неволей слышит больше, чем матросу положено.
«Новый взял очень жесткую линию, а Александр Иванович с ней не согласился, дисциплина у нас и так была хорошая. Командир людям доверял. Старпом был против того, что командир увольнял матросов в город: дескать, у нас, где я служил, и офицеров не пускают. А наш ему со смешком: „У вас там вымпела до самой воды висят, а мы, бывает, и вовсе не вывешиваем“. Мысль та, что мы флот воюющий и нам не до формальностей. Похоже, что старпом ходил жаловаться на командира. Ну нет ни в чем согласия… А тут как раз по соседству, на „С-4“, случилась какая-то авария, налетела комиссия, старпома сняли. Александр Иванович и воспользовался, стал расхваливать своего: на вашу бы лодку да моего старпома, он бы у вас порядок навел железный. И уговорил ведь, старпом ушел на „С-4“, а на его место командир взял Ефременкова с „М-96“, с ним мы и ходили во все походы».
Вернувшись с Большой земли, Маринеско ощутил новый прилив энергии. В. Е. Корж вспоминает:
«В мае 1943 года я стал дивизионным механиком „эсок“, мы стали чаще видеться, а наши отношения стали еще теснее и дружественнее. Как-то заговорили о литературе, и меня удивило, что Маринеско отнесся к этой теме без всякого интереса: „Мне сейчас не до стихов“.
— Что же тебя сейчас интересует?
— Многое. За сколько секунд трюмно-дифферентовочная помпа сможет погасить положительную плавучесть подводной лодки типа „С“ после двухторпедного залпа на трехузловом подводном ходу. То же на четырехузловом. То же на пятиузловом. Как командир корабля я обязан знать, за сколько секунд моя лодка уйдет на глубину, безопасную от таранного удара эскадренного миноносца».