В 1890 году морским министерством России был взят курс на строительство мощных артиллерийских кораблей для защиты балтийского побережья. Корабли этого проекта имели малую осадку и достаточно сильное артиллерийское вооружение и предназначались для действия исключительно во внутренних морях. Именно таким кораблем и был броненосец береговой обороны «Адмирал Ушаков». Водоизмещение его составляло 4,5 тысячи тонн, максимальная скорость хода — 16 узлов. Вооружение включало: четыре 254-миллиметровых, четыре 120-миллиметровых и 26 малокалиберных орудий. Из минного оружия броненосец имел четыре торпедных аппарата.
Ко времени вступления Миклухи-Маклая в должность командира «Ушаков» проделал уже восемь кампаний. Все его походы ограничивались Балтийским морем. Из наиболее значительных событий ветераны корабля отмечали успешно перенесенный броненосцем в ноябре 1899 года 11-балльный шторм недалеко от Либавы. Нельзя сказать, что Владимир Николаевич был очень рад своему назначению. Он всегда мечтал об океанских кораблях и дальних плаваниях, но, пока «под шпицем» сидел Рожественский, рассчитывать на лучшее не приходилось…
В начале 1904 года вероломным нападением японских миноносцев на Порт-Артур началась русско-японская война. Прошло еще немного времени, и вице-адмирал Макаров был назначен командующим Тихоокеанской эскадрой. Вместе с собой он забирал в Артур ряд наиболее подготовленных офицеров. Хотел взять и Владимира Николаевича, но этому воспротивился Рожественский.
— Степан Осипович, — просил вице-адмирала, немного заикаясь от волнения, Миклуха, — готов хоть вахтенным начальником на последний миноносец!
— Что я могу сделать, дорогой Владимир Николаевич! — вздыхал Макаров. — Я и сам прекрасно понимаю всю глупость положения. Но что делать, если Рожественский имеет на вас столь большой зуб! Впрочем, по приезде в Артур попытаюсь вызвать вас туда телеграммой! А теперь прощайте, у меня утром поезд. Надеюсь, что свидимся!
Слово свое вице-адмирал сдержал. Сразу же по прибытии в Порт-Артур направил в Санкт-Петербург телеграмму: в связи с напряженным положением в крепости он требовал незамедлительной отправки к нему капитана 1 ранга Миклухи как наиболее подготовленного офицера, для назначения на должность капитана артурского порта. Но вновь вмешался Рожественский. Без особых объяснений он немедленно отправил ответ Макарову. Это была телеграмма № 1559 от 23 мая 1904 года. Содержание ее было весьма лаконично: «Миклуха капитаном порта назначен быть не может». Но Макаров уже не получил ее: на входе в порт-артурскую гавань его флагманский броненосец «Петропавловск» подорвался на японской мине и затонул. Вместе с вице-адмиралом Макаровым погибла почти вся команда и командование эскадрой.
А на Балтике полным ходом шло снаряжение на Дальний Восток Второй Тихоокеанской эскадры. Главный морской штаб предложил назначенному ее командующим вице-адмиралу Рожественскому включить в состав эскадры и все три броненосца береговой обороны типа «Адмирал Ушаков». Но тот ответил резонно:
— Зачем мне эти самотопы, ведь эскадре предстоит идти через три океана! Что я там с ними делать буду, какие берега охранять?
И затея была оставлена.
Владимир Николаевич на корабли Второй эскадры и не просился. С Рожественским вместе для него служить было немыслимо…
Ушла Вторая эскадра, а на Балтике все осталось по-прежнему. «Ушаков» все так же выходил в составе Учебно-артиллерийского отряда в практические плавания. И вдруг внезапная и страшная весть — пал Порт-Артур, корабли Первой Тихоокеанской эскадры затоплены на его внутреннем рейде… Вторая же эскадра еще только добиралась к Мадагаскару.
Кают-компания на «Ушакове», как и на других кораблях, превратилась в дискуссионный клуб. Все, невзирая на звания, яростно спорили, что следует делать дальше: вернуть Вторую эскадру и тем самым расписаться в своем бессилии или же, усилив ее кораблями с Балтики и Черного моря, попытаться переломить ход борьбы в свою пользу?
До дыр зачитывались газеты с сообщениями с театра военных действий. Особой популярностью среди морских офицеров пользовалась газета «Новое время», на страницах которой печатал свои статьи капитан 2 ранга Кладо — известный специалист в вопросах военно-морской стратегии. Кладо призывал к немедленной отправке на Восток дополнительных морских сил, аргументировано доказывая, что Вторая эскадра в одиночку не в состоянии бороться с японским флотом. За отправку Третьей эскадры высказывались в печати и такие признанные в России морские авторитеты, как адмиралы Скрыдлов и Дубасов.
Сформировать Третью эскадру из кораблей Черноморского флота не удалось. Турки наотрез отказались выпускать новейшие черноморские броненосцы через проливы. Оставалась последняя возможность — собрать эскадру из кораблей, имевшихся на Балтике.