…Учитывая результаты работы советско-польской комиссии по истории отношений между двумя странами (так называемых «белых пятен»), Политбюро ЦК КПСС 31 марта 1989 г. поручило Прокуратуре СССР, КГБ СССР, МВД СССР, МИД СССР и ГАУ при СМ СССР провести тщательную проверку по факту массового расстрела польских военнопленных в районе Катыни и поиск сохранившихся материалов по этому вопросу (т. 115. Л.д. 142, 155). Все перечисленные ведомства к маю 1989 г. сообщили, что новых документов по Катынскому делу не обнаружено. Весной – в начале лета того же года в Особом архиве ГАУ при СМ СССР, в фонде Главного управления по делам военнопленных и интернированных при НКВД СССР группой советских историков были найдены тщательно скрываемые документы о польских военнопленных, включая списки содержавшихся в лагерях НКВД в Старобельске, Козельске и Осташкове, которые весной 1940 г. были переданы в распоряжение управлений НКВД по Харьковской, Смоленской и Калининской областям соответственно. Кроме того, в Центральном государственном архиве Советской Армии, в фонде Управления конвойных войск НКВД СССР были найдены документы, касающиеся транспортировки польских военнопленных из перечисленных лагерей в район Харькова, Смоленска и Калинина. Обнаруженные документы однозначно свидетельствовали о причастности органов НКВД СССР к уничтожению около 15 тыс. польских военнопленных.
На основании документов Особого архива для международного отдела ЦК КПСС были составлены доклад и справка «Документальная хроника Катыни», а также подготовлена для печати статья по поручению советско-польской комиссии по истории отношений между двумя странами («белых пятен»), которые легли в основу доклада для Президента СССР от 22 февраля 1990 г. (т. 115. Л.д. 151—154; т. 15. Л.д. 130—186).
Стало очевидно, что правда вышла на свет вопреки строгой секретности хранения архивных документов и «особой папки».
14 апреля 1990 г. советская сторона в сообщении ТАСС признала виновность Берии и его подручных в расстреле польских военнопленных весной 1940 г. Польской стороне был передан М.С. Горбачевым ряд документов, включая именные списки расстрелянных из Козельского и Осташковского лагерей и списочный состав Старобельского лагеря.
В сентябре 1990 г. Главная военная прокуратура начала уголовное дело по факту расстрела польских военнопленных. Она выявила обширный комплекс ранее недоступных архивных документов, в том числе Управления по делам военнопленных и интернированных НКВД СССР, Управления конвойных войск НКВД СССР и др., сняла показания с участников и свидетелей преступления, провела эксгумации в местах массовых расстрелов польских военнопленных.
В ходе работ в 6-м квартале лесопарковой зоны Харькова (25 июля – 9 августа 1991 г.), проводившихся на площади 97x62x143x134 м, было сделано 49 раскопов и 5 зондажей. Было обнаружено не менее 167 останков поляков. В Медном работы проводились 15-25 августа 1991 г. на площади пятиугольника 37x108x36x120x120 м. Было сделано 30 раскопов и 5 дополнительных зондажей. Обнаружены останки не менее чем 243 поляков.
В эксгумационных работах также приняли активное участие польские специалисты под патронатом Генеральной прокуратуры в Министерстве юстиции РП. Они провели тщательное научное исследование полученного материала, идентифицировали часть останков и изучили вещественные доказательства, подтвердив нахождение в захоронениях 6-го квартала лесопарковой зоны Харькова трупов польских военнопленных из Старобельского лагеря, а в захоронениях Медного – из Осташковского лагеря (где немцев во время войны не было) (т. 31, 32).
Исследованиями установлена прямая закономерная связь между списками-предписаниями на отправку военнопленных в УНКВД Смоленской области и тем, в каком порядке трупы лежали в катынских могилах весной 1943 г. Совпадение обоих списков говорит о достоверности идентификационного списка от 1943 г., который может рассматриваться как доказательственный документ. В этих могилах лежат польские военнопленные, отправленные из Козельского лагеря в распоряжение УНКВД Смоленской области в апреле-мае 1940 г.
В ходе следствия уже к концу 1990 г. были получены свидетельства того, что польские военнопленные подверглись уничтожению по решению Политбюро ЦК ВКП(б), подписанному И.В. Сталиным в первые месяцы 1940 г. Однако это решение удалось обнаружить лишь к октябрю 1992 г. При этом документально установлено, что представители высшего руководства СССР и ВКП(б)/КПСС в течение десятилетий скрывали документы, содержащие сведения о расстреле польских военнопленных.