При ярусном лове используют основные ярусы (один или более), к которым крепятся короткие ярусы с крючками по краям. Основные ярусы могут быть длиной до 120 км, содержа при этом сотни или тысячи крючков с наживкой. Они устанавливаются на разной глубине в зависимости от отлавливаемых видов. Рыбу, пойманную с помощью яруса, могут тащить за судном на протяжении часов или даже дней. Ярусный лов приобрёл дурную славу, поскольку из-за него погибают многие миллионы морских млекопитающих, включая птиц, дельфинов, акул и черепах. Тем не менее он причиняет меньше вреда морскому дну, чем придонное траление.
При лове жаберными сетями используют большие сети размером от 30 и более метров до более чем 1,5 км, для того чтобы поймать в ловушку нужную рыбу. Рыба пытается проплыть через ячейки сети, но запутывается жабрами и не может спастись. Другие виды рыб могут оказаться достаточно маленькими, чтобы проплыть, или же слишком большими, чтобы зацепиться жабрами. Жаберные сети часто надолго оставляют без присмотра, так что пойманная рыба медленно и мучительно задыхается.
Кошельковый лов является ещё одним способом отлова рыбы, использующим большие сети. Кошельковый невод был назван так из-за своего вида: через множество колец до самого дна сети пропускается верёвка, потянув за которую можно полностью закрыть сеть снизу, как огромный мешок. Кошельковый лов является основным методом отлова рыбы, которая сбивается в косяки недалеко от поверхности воды. Одной из основных проблем, связанных с кошельковым ловом, является попадание в сеть дельфинов. Рыба часто ещё жива, когда её вытаскивают на борт, и находится в сознании во время разрезания и потрошения.
Надвигающаяся глобальная угроза уничтожения популяций диких рыб вызвала массовый переход от промышленного рыболовства к рыбоводным хозяйствам. Аквакультура, или аквафермерство, обычно известное как рыбоводное хозяйство, является самым быстрорастущим сегментом производства животной пищи в мире. В 2008 г. приблизительно 46 % всей потреблённой в мире рыбы было выращено на морских фермах, в то время как в 1980 г. её количество составляло лишь 9 %. Некоторые рыбные фермы находятся на суше: под них отводятся пруды, озёра, водохранилища или искусственные водоёмы. Другие же располагаются на морских побережьях, а рыба содержится в воде при помощи больших сетей, загонов и клеток. Там применяются методы интенсивного откорма, как на агропромышленных фермах.
Задача рыбных ферм ничем не отличается от задачи агропромышленных: произвести наибольшее количество мяса при наименьших издержках. На рыбных фермах животные содержатся в такой тесноте, которая редко имеет место в диких условиях. Как следствие, рыба может заболеть или заразиться, а обычно это влечёт за собой интенсивное применение антибиотиков, противомикробных препаратов и других фармацевтических средств.
Последствия таких агрессивных мер для экосистемы обширны и серьёзны, и нам остаётся только гадать, насколько серьёзными они являются для отдельного животного. Жизнь в тесноте и плохих условиях, загрязнение воды и вспышки инфекций могут вызывать у рыб стресс, страх, дискомфорт и боль. Но наибольшие опасения вызывают благополучие морских обитателей в целом, отрицательное воздействие на окружающую среду и ущерб, причиняемый диким рыбам.
Мусор, комочки пищи и остатки химических препаратов с рыбных ферм представляют серьёзную угрозу для экологически уязвимых областей, к которым относятся мангровые болота, прибрежные эстуарии[2] и пути миграции лосося. Непереработанный мусор попадает напрямую в океан, что оказывает влияние на флору и фауну, а также на качество воды. Деятельность рыбных ферм также вызывает вредоносное цветение воды, распространение вырабатывающих яд водорослей, которое может привести к массовой гибели рыб, ракообразных, морских млекопитающих, морских птиц и других животных, использующих эти водоросли в пищу.
Основным аргументом в пользу рыбоводных хозяйств является защита диких рыб. Удивительно при этом, что сами рыбные фермы могут негативным образом влиять на дикие популяции хищных рыб и морских млекопитающих, так как разводимым хищным рыбам требуется от 0,9 до 2,3 кг дикой рыбы, чтобы набрать 0,5 кг веса. К тому же искусственно выращиваемые рыбы могут сбежать, заражая диких рыб инфекциями, морскими вшами и другими паразитами. Когда чужеродные виды рыб выплывают в близлежащие воды, они могут истощить естественную популяцию в борьбе за пищу и место обитания.
Более того, рыбная отрасль активно экспериментирует с генной инженерией. Хотя такая продукция ещё не получила доступа на рынок, в данный момент лососёвые, креветки и моллюски подвергаются генетическим модификациям. Например, атлантическому лососю добавили гены чавыча (другого вида лосося), чтобы он достигал рыночного веса в два раза быстрее. Генетически модифицированная рыба, которой удаётся ускользнуть из садков, что часто происходит на рыбных фермах открытого типа, представляет серьёзную угрозу для естественных видов в случае их скрещивания.