И хотя… 1 июля 1941 г. правительство СССР утвердило специальное „Положение о военнопленных“, во многом соответствующее Женевской конвенции „Об обращении с военнопленными“, а в 1942 г. СССР заявил, что будет соблюдать Гаагские конвенции 1899 и 1907 гг. на основе взаимности, Германия в ходе всего периода войны против СССР использовала „оговорку всеобщности“ (clausula si omnes), согласно которой вышеперечисленные конвенции переставали действовать, если в войну вступало государство, официально не являющееся их участником. Это позволило Германии отбросить принятые всеми цивилизованными народами законы и обычаи войны и вести на Востоке войну на полное уничтожение противника и его государства.
О том, что война на Востоке будет во многом отличаться от войны на Западе, Гитлер предупредил высший командный состав вермахта за несколько месяцев до нападения на Советский Союз на совещании в рейхсканцелярии 30 марта 1941 г., в котором принимало участие около 250 генералов и офицеров, в том числе высшее командование вермахта, командующие и начальники штабов групп армий, командиры корпусов и дивизий. С точки зрения фюрера, предстоящая война должна была представлять собой „борьбу двух мировоззрений“ с целью разгрома Красной Армии и ликвидации советского государства, в ходе которой требовалось „отказаться от понятия солдатского товарищества“. При этом речь шла не просто о войне, а именно о „войне на уничтожение“, в ходе которой „жестокость на Востоке“ объявлялась „благом для будущего“. „Большевистские комиссары“, „коммунистическая интеллигенция“, сотрудники ГПУ заранее причислялись к преступникам и подлежали физическому устранению. Таким образом, высшее военное руководство нацистской Германии было заблаговременно ознакомлено с целями и методами ведения войны против СССР. Позднее эти указания перешли в директивные документы вермахта всех уровней и подлежали беспрекословному выполнению.
Агрессия Германии против Советского Союза, предпринятая без объявления войны, и массированные бомбардировки мирных советских городов в первые часы боевых действий уже противоречили международным нормам и поэтому их можно квалифицировать как военные преступления.
Буквально через несколько дней после вероломного нападения на СССР, 25 июня 1941 г., Гитлер своим распоряжением передал всю полноту военной и административной власти на вновь оккупированных восточных территориях командующим вермахта в качестве высших представителей германских вооруженных сил. Эти лица назначались лично фюрером и действовали в соответствии с его директивами, переданными через начальника штаба верховного командования (ОКБ). Их основные обязанности заключались в обеспечении безопасности оккупированной территории с военной точки зрения и её защите от внезапного нападения извне.
Как и ожидало военно-политическое руководство нацистской Германии, в первые же дни войны в распоряжение вермахта попало большое количество советских военнопленных, число которых продолжало постоянно расти. Общие правила обращения с этой массой людей были разработаны ещё перед войной. Первые документы по этому вопросу касались главным образом судьбы военнопленных политических работников (комиссаров). В рамках обсуждения весной 1941 г. принципов обращения с захваченными в плен советскими политическими и военными руководящими работниками главное командование сухопутных войск (ОКХ) предложило не считать военных политработников пленными и уничтожать их самое позднее в пересыльных лагерях. Достоверность этой инициативы ОКХ подтвердил бывший заместитель начальника оперативного отдела ОКБ генералов. Варлимонт на допросе 12 ноября 1945 г.
В развитие этого предложения главного командования сухопутных войск 6 июня 1941 г. ОКБ подготовило указания войскам об обращении с политическими комиссарами, в которых комиссары не признавались военнослужащими и подлежали уничтожению. Согласно дополнению к этим указаниям, подписанному главнокомандующим сухопутными войсками В. фон Браухичем 8 июня того же года, казнь политкомиссаров должна была проводиться в войсках вне зоны боевых действий, незаметно, по приказу офицера. Приказ о комиссарах продолжал оставаться в силе до весны 1942 г.