Военный период характерен постепенным снижением численности заключенных, содержащихся в исправительно-трудовых лагерях и колониях НКВД. Снижение числа заключенных в основном объясняется применением досрочного освобождения в соответствии с Указами Президиума Верховного Совета Союза ССР, постановлениями Государственного Комитета Обороны и Пленума Верховного Суда Союза ССР. К началу войны общее число заключенных, содержавшихся в исправительно-трудовых лагерях и колониях, составляло 2 300 000 человек. На 1 июля 1944 года число заключенных снизилось до 1 200 000 человек. За три года войны из лагерей и колоний убыло 2 900 000 человек и вновь поступило осужденных 1 800 000 человек. Одновременно произошли изменения в составе заключенных по характеру совершенных преступлений. Если в 1941 году осужденные за контрреволюционные и другие особо опасные преступления составляли только 27 % от общего числа заключенных, содержавшихся в лагерях и колониях, то к июлю 1944 года число осужденных этой категории возросло до 43 %. Кроме того, в настоящее время в исправительно-трудовых лагерях содержится 5200 заключённых, осужденных к каторжным работам. В составе заключённых снизилось число осужденных мужчин, с одновременным увеличением женщин. В 1941 году заключённых мужчин содержалось 93 %. В настоящее время: мужчин 74 %, женщин — 26 %[22].
В первый период войны возникла необходимость эвакуации заключенных с территории, находившейся в непосредственной близости к зоне военных действий, где дислоцировалась значительная группа исправительно-трудовых лагерей и колоний НКВД (Беломорско-Балтийский, Мончегорский, Вытегорский, Сегежский лагери аэродромных строительств и другие). Эвакуация лагерей и колоний в основном была проведена организованно, ГУЛАГом разрабатывались планы эвакуации заключенных в увязке с перебазированием промышленности, предусматривая вывоз людей, материальных ценностей и демонтируемого оборудования. В связи с известными транспортными затруднениями, значительная масса заключенных эвакуировалась пешим порядком нередко на расстояния до 1000 км. Аппараты ГУЛАГа в тыловых районах были мобилизованы на обеспечение проходивших эшелонов и этапов заключенных медико-санитарным обслуживанием и питанием. Эвакуации подверглись 27 исправительно-трудовых лагерей и 210 колоний, с общим числом заключенных — 750 000 человек.
По представлению НКВД СССР Президиумом Верховного Совета Союза ССР 12 июля и 24 ноября 1941 года были изданы Указы о досрочном освобождении некоторых категорий заключенных, осужденных за прогулы, бытовые и незначительные должностные и хозяйственные преступления, с передачей лиц призывных возрастов в Красную Армию.
Во исполнение Указов Президиума Верховного Совета СССР ГУЛАГом было проведено освобождение 420 000 заключённых. По специальным решениям Государственного Комитета Обороны, в течение 1942–1943 гг. произведено досрочное освобождение с передачей в ряды Красной Армии 157 000 человек из числа осужденных за незначительные преступления. Кроме того, по установленному ГУЛАГом порядку все заключенные, освобождаемые из лагерей и колоний за отбыванием сроков наказания, годные к строевой службе, также передавались в армию. Всего за три года Отечественной войны было передано на укомплектование Красной Армии 975 000 человек.