Победоносцеву не нравились «отношения» Рачинского не только с Дарвином, но и с Львом Толстым. Дружбу с последним Константин Петрович старался поколебать. И не безуспешно.
Льва Толстого и Рачинского сблизила педагогика. «Яснополянский мудрец и Татевский отшельник» — так их называли — считали воспитание детей в начальной сельской школе важнейшей задачей.
Семнадцатого апреля 1877 года Рачинский писал Толстому:
Рачинский делился с Толстым своими мыслями по поводу способностей его учеников к литературному творчеству и радовался, что ученики сочиняют сказки. «Я давно бросил задавание сочинений, — пишет он, — они пишутся нехотя, вяло, сухо, — и заменил их ежедневною импровизированною диктовкою на самые разнообразные темы, что чрезвычайно их интересует».
Толстой и Рачинский неоднократно пытались приехать друг к другу.
Толстой посылает Рачинскому телеграмму: «Когда и как приехать к Вам? Отвечайте: Торжок станцию». Но телеграмма пришла с опозданием. Рачинский пишет Толстому: «Вчера, любезный граф Лев Николаевич, я получил Вашу телеграмму, ответил и лишь сегодня рассмотрел, что она от 30 сентября. Можете представить наше горе! Вы уже ехали к нам — и, благодаря телеграфу, мы узнали об этом лишь через шесть недель! А как отрадно, как нужно мне было Вас видеть! Нужно мне Вас видеть потому, что я слабею. Физически и нравственно. Утомление шести лет непрерывного учения и болезнь, которую я себе нажил, подрывают мои силы. Я Вас обещал ребятам: они все точат зубы на Вас. — А мои помощники! Ведь на них никто, кроме меня, и обратить внимание не хочет. Вы бы их оценили, одобрили. Они этого стоят. В них вся суть моей школы, за которую мне надоело слышать похвалы себе — самому неумелому из учителей».
Существенным различием было то, что Победоносцев и Рачинский боролись за церковно-приходские школы, а Толстой был сторонником земских школ. Это и осложняло их отношения. Победоносцев осложнения только подогревал: «Ужасно подумать о Льве Толстом. Он разносит по всей России ужасную заразу анархии и безверия. День за днем работая, он издает книжку за книжкой за границей — одна другой ужаснее, в России рассылает послания… Он враг Церкви, враг всякого правительства и всякого гражданского порядка. Есть предположение в Синоде объявить его отлученным от Церкви во избежание всяких сомнений и недоразумений в народе, который видит и слышит, что вся интеллигенция поклоняется Толстому. Вероятно, после коронации возбудится вопрос: что делать с Толстым?»
Рачинский отвечал весьма интересно: «Неуместно тут всякое внешнее насилие… И дело остается крайне затруднительным, за неимением не только в России, но и во всей Европе выдающихся нравственных авторитетов, способных побороть Толстого его оружием».
Рачинский, даже не соглашаясь с «преступной проповедью Толстого», склоняет голову перед русским гением. Он пишет ему: «Как обрадовали Вы меня надеждою увидеть Вас в Татеве. Я всегда дома, при мне всегда ребята. Отлучки мои столь редки и кратки, что о каждой из них могу сообщить Вам заблаговременно. О возможных между нами религиозных несогласиях не заботьтесь. Едва ли я ошибаюсь, угадывая в последних Ваших рассказах суть Ваших религиозных воззрений, такую суть, относительно коей мы разойтись не можем. Что касается до прочего — разве полное согласие между людьми возможно? Бог — такая безмерность, и разум наш так ограничен, так разнообразно односторонен! До каждого из нас доходит лишь частица вечного света. И в самом резком разногласии обе стороны могут быть правы. Поэтому для меня богословская ненависть — чувство непонятное и, полагаю, для Вас также…»