Став королевой, Изабелла проводила очень жесткую политику. Она получила разоренную страну, где люди давно даже слово такое - «закон» - позабыли. Юной королеве пришлось и хитрить, и изворачиваться, и вступать в самые неожиданные союзы, и воевать. Изабелла приняла новый уголовный кодекс, крайне жестокий, грозивший членовредительством и смертью за ничтожные преступления, и поручила эрмандаде - городской милиции - следить за его исполнением. Результат превзошел все ожидания: в считанные месяцы прекратилась чеканка дурной монеты, разбойников вывели, уровень городской преступности резко упал. Опираясь на эрмандады, Изабелла одного за другим подчинила всех своевольных грандов, приказала срыть более полусотни замков, запретила строительство новых частных укреплений, вернула в казну все пожалования, сделанные ее братом, наладила поступление налогов...
Но чем больше проблем решала юная королева, тем ясней за ними виделась другая: религиозная раздробленность всех королевств Испании. Королеве несколько лет доказывали необходимость введения в стране инквицизионных трибуналов, ибо положение с марранами становилось невыносимым. Им принадлежала львиная доля богатств в стране, они занимали высшие посты (у короля Фердинанда Арагонского казначей был марраном), они перемешались со знатью, породнившись со всеми крупными семьями, и, что крайне неприятно, позволяли себе слишком много религиозных вольностей, уверовав в свою безнаказанность.
Марранская знать не желала укрепления центральной власти - ей не нужен был контроль, налогооложение, закон и порядок. Защитить себя и свои интересы она могла легко, а подчиняться ради абстрактного блага государства не хотела. Притом все отлично понимали, что инквизиция будет орудием не папским, а королевским, причем орудием, наименее подверженным коррупции. Но народ, более всего страдавший от самоуправства крупных феодалов, мелкая кастильская знать и сами короли были крайне заинтересованы как в смене правящей элиты, так и в укреплении судебной власти в стране.
Была и еще одна заинтересованная сторона, которая старалась держаться в тени. И сторона эта - итальянские, преимущественно генуэзские, банкиры. Испания казалась им перспективным рынком, но чтобы завладеть им, нужно было вытеснить марранов и евреев. Оказав финансовую поддержку королям, генуэзцы доказали, что без марранов можно обойтись, и тем самым обезоружили своих противников. Ведь марранов терпели только потому, что они часто служили «кошельком», выдывая королям ссуды. Теперь, когда генуэзцы предложили лучшие условия, судьба марранов была решена.
Первый кастильский трибунал был учрежден в Севилье.