В начале 1942 года на торпедном полигоне в Готенхафене (Гдыня) начались испытания Ju 88А-4, оснащенного держателем торпеды PVC. Бомбодержатели ЕТС и воздушные тормоза с самолета были сняты. В передней части фюзеляжа справа располагался механизм сброса торпеды, закрытый обтекаемой заслонкой. Ju 88А-4 Torp иногда оборудовали морскими радарами FuG 200. В передней установке вместо пулеметов устанавливали пушки Рейнметалл-Борзиг MG FF калибра 20 мм, предназначенные для поражения морских целей. Использовали торпеды LT5b калибра 533 мм с магнитными или ударными (инерционными) взрывателями. Самолет Ju 88А-4 Torp (BF+YT W.Nr 740) использовали для испытаний планирующих торпед. Планирующая торпеда представляла собой обычную торпеду LT5b, соединенную с планером Blohm und Voss L10, что позволяло осуществлять ее сброс с большей высоты. После вхождения в воду крылья и оперение отпадали и торпеда устремлялась к цели. После того, как самолет BF+YT разбился, заходя на посадку у аэродрома Румя около Гданьска от дальнейших испытаний этой системы отказались.
Junkers 88А-6 и A-6U
Известны две версии самолета Ju 88А- 6: собственно Ju 88А-6 и Ju 88А-6 U.
Ju 88А-6 представлял собой обычный Ju 88А-5, оснащенный приспособлением для перерезания тросов аэростатов. Впереди самолета крепился параван, а на концах крыльев устанавливали специальные ножи. В задней части фюзеляжа разместили противовес массой 60 кг. Самолеты Ju 88А-6 шли перед волной бомбардировщиков и расчищали дорогу. Поскольку громоздкая конструкция ухудшала скоростные качества и маневренность машин, то, как правило, Ju 88А-6 сбивали первыми.
Модификация Ju 88А-6 U – это самолеты Ju 88А-6 (по всей видимости Ju 88А-6 U строили и на базе Ju 88А-4., приспособленные для атак на морские цели). На Ju 88А- 6U ставили моторы Jumo 211F или 211J. Самолеты не оснащались подкабинной гондолой, входной люк экипажа размещался под фюзеляжем. Экипаж этой версии составлял три человека. Ju 88A-6U оснащали радаром FuG 200 Hohentweil. Антенны радара располагались либо на носу машины, либо на носу и под левым крылом. FuG 200 можно было монтировать вместе с радаром FuG 217 Neptun R1 радиусом действия от 400 до 4000 метров, антенны этого радара устанавливали под крыльями. FuG 200 служил для отыскания морских целей на дистанциях до 80 км, а FuG 217 использовался в качестве радара кругового обзора. На некоторых самолетах этой модификации устанавливали обтекатели на выхлопные патрубки. Использовали различные схемы вооружения самолета, чаще всего оборонительное вооружение заключалось в одиночном пулемете MG 131 или спаренном MG 811.
Самолеты Ju 88А-6 оборудовались радаром EZ 6 и альтиметр FuG 101.
Junkers 88А-7
Ju 88А-7 представлял собой невооруженную учебно-тренировочную машину. На данный тип самолета устанавливали двигатели Jumo 211Н-1 мощностью 883 кВт/ 12000 л.с. на многих самолетах модификации не было гондолы стрелка. Фирмой Блом унд Фосс (Blom und Voss) было переделано или построено 150 самолетов.
Junkers 88А-8
Ju 88А-8 оснащались Kuto Nase. Kuto Nase – это резаки аэростатных тросов, установленные на передней кромке крыла. По мысли создателей этого устройства Kuto Nase должны были защитить самолет от столкновений с заградительными аэростатами.