В середине 1940 года командование Люфтваффе и конструкторский коллектив фирмы Юнкерс приступили к созданию разведывательной модификации самолета Ju 88. Новая машина должна была заменить самолеты Дорнье Do 17Р, которые в то время использовали для разведки. Созданному на базе Ju 88А самолету-разведчику присвоили обозначение Ju 88D. Еще до того, как приступили к серийному выпуску машин Ju 88D, в спешном порядке переделали в разведчики некоторое количество бомбардировщиков, Переделанные машины обозначались как Ju 88A-I(F) и Ju 88A-5(F) (буква F- сокращенно Fernaufklaerungs (дальняя разведка)). С переделанных самолетов сняли внешние и внутренние бомбодержатели и воздушные тормоза. Четырехстворчатые створки бомболюка заменили двухстворчатыми. Две фотокамеры установили в левой части заднего бомбоотсека, а одна – в правой части. В переднем бомбоотсеке разместили дополнительный топливный бак емкостью 1450 литров. Кроме трех фотокамер, закрепленных в бомбовом отсеке, в кабине пилота разместили маленький ручной фотоаппарат.
Первые переделанные из бомбардировщиков разведчики встали в строй в 1940 году.
В 1940 году немецкие самолетостроители выпустили 330 разведчиков Ju 88D. Разведывательное оборудование состояло из фотокамер Robot Rb 70/30 или Rb 50/ 30, предназначенных для съемок с больших высот и камеры Rb 20/30, которую использовали для фотографирования с низких высот.
Разные модификации Ju 88D незначительно отличались друг от друга по способу установки фотооборудования. На Ju 88D- 0 и ранних Ju 88D-1 объективы фотокамер выступали за обводы корпуса и были закрыты противобликовой системой. На самолетах Ju 88D-2 и Ju 88D-4 объективы за обводы фюзеляжа не выступали.
Junkers 88D-0, D-2
В середине 1940 года завод Юнкерса в Дессау изготовил пробную серию самолетов-разведчиков Ju 88D-0. Через несколько недель начался выпуск серии Ju 88D-2. Обе версии были созданы на базе Ju 88А-5. На самолеты Ju 88D-0 ставили моторы Jumo 211В-1, а на Ju 88D-2 – моторы Jumo 211G-1 или 211Н-1. На бомбодержателях под крыльями были подвешены дополнительные сбрасываемые топливные баки общей емкостью 300 литров. Первыми новые разведчики Ju 88D-0 получили l.(F)/122, а Ju 88D-2 – l.(F)/123.
Junkers 88 D-l
В начале 1941 года были построены первые самолеты Ju 88D-1, созданные на базе бомбардировщика Ju 88А-4. На самолеты устанавливали три фотокамеры, однако на практике использовали только две, расположенные в левой части бомбоотсека. Самолеты Ju 88D-1 могли нести бомбы как и обычные Ju 88А-4. Была предусмотрена система обогрева фотокамер выхлопными газами работающего двигателя. От хвостовой части фюзеляжа бомбоотсек с фотокамерами отделялся съемной перегородкой. На внешних бомбодержателях ЕТС самолеты Ju 88D-1 могли нести бомбы или сбрасываемые топливные баки.
Junkers 88D-3
Самолеты Ju 88D-3, представляющие собой вариант Ju 88D-1, были приспособлены для эксплуатации в тропических условиях. На Ju 88D-3 устанавливали воздушные фильтры на воздухозаборниках карбюраторов и радиаторов, а также оснащали средствами выживания в пустыне. В полевых условиях подобным образом было переделано несколько серийных Ju 88D-1, которые получили обозначение Ju 88D-1 Trop (Trop – сокращение от слова Tropisch (тропический)).
Junkers 88D-4
Самолет Ju 88D-4 представлял собой тропический вариант самолета Ju 88D-2. Первое время такие самолеты носили обозначение Ju 88D-2 Trop.
Junkers 88D-5
Последним вариантом самолета Ju 88D был Ju 88D-5, оснащенный двигателями Jumo 211G или 211Н. Винт VDM, применявшийся прежде, заменили винтом Юнкерс VS 11. На разведчике устанавливали две фотокамеры.