Ju 88Н-4, так называемый Fuehrungsmachine – дальний бомбардировщик, несший на себе истребитель прикрытия Fw 190A-8, наподобие Мистеля.
Ju 88J-I – проект тяжелого истребителя, созданного на базе Ju 88А-4, но оснащенного двигателями BMW 80ID.
Ju 88Q-I – проект ночного истребителя, оснащенного радаром FuG 220 SN-2 и двигателями BMW 801G.
Ju 88S-4 – самолет с двигателями Jumo 213 и бомбоотсеком повышенной вместимости.
Ju 88S-5 – самолет Ju 88S-3 оснащенный компрессором ТК 11, при помощи которого планировалось достичь потолка в 11000 м. Прототип этого самолета Ju 88V93 поднялся в воздух 1 ноября 1943 года в Дессау.
Окраска и опознавательные знаки
Основная схема окраски, принятая в Люфтваффе для дневных бомбардировщиков заключалась в следующем. Верхнюю поверхность и борта фюзеляжа, а также верхнюю поверхность крыльев и оперения покрывали черно-зеленой краской RLM 70 Schwarzgruen (FS 595В – 34050) и темно-зеленой RLM 71 Dunkelgruen (FS 595В – 34079-34086). Нижние поверхности самолета выкрашивали голубой краской RLM 65 Hellblau (FS 595В – 35352).
Для самолетов, эксплуатировавшихся на средиземноморском и североафриканских театрах военных действий использовали иную схему окраски. Верхние и боковые поверхности самолета покрывали песочного цвета краской RLM 79 Santlbraun (FS 595В – 33434). а нижние поверхности выкрашивали краской RLM 78 Hellblau (FS 595В – 35352-35414). Некоторые самолеты из LG 1, которые воевали в Северной Африке, были дополнительно камуфлированы нерегулярными пятнами, сделанными оливково-зеленой краской RLM 80 Olivegruen (FS 595В – 34052) на верхней поверхности фюзеляжа и крыльев.
В зимний период верхние поверхности самолетов Ju 88 (главным образом Ju 88А и Ju 88С) выкрашивали белой смываемой краской.
Самолеты Ju 88А-6, состоявшие на вооружении KG 54 и применявшиеся для нарушения коммуникаций союзников на Средиземном море получили особенное дополнение к стандартному камуфляжу, состоявшее из извилистых линий, сделанных краской RLM 76 Hellgrau (FS 595В – 36473) на верхних поверхностях самолета. У ночных бомбардировщиков Ju 88 часто нижние поверхности фюзеляжа, крыльев и оперения покрывали черной краской RLM 22 Schwarz (FS 595В – 37038).