Junkers 88Е
Один из самолетов Ju 88В-0 был оснащен двигателями BMW 801С и вооружен тремя пулеметами MG 131 в наводящихся установках: один пулемет устанавливали в передней части кабины пилота, второй в задней части, а третий в дистанционно управляемой башенке на крыше кабины. В нижней установке монтировали MG 8IZ. Этот самолет (D-ALWN) обозначался как Ju 88V27, затем обозначение сменили на Ju 88Е-0. Самолет служил испытательным стендом для проверки вооружения создаваемого Ju 188,
Junkers 88G
Вместе с развитием конструкции самолетов Ju 88С и Ju 88R (о котором будет рассказано ниже) Юнкерс вел работу над новым истребителем с усиленным вооружением и улучшенной аэродинамикой. Истребитель получил обозначение Ju 88G. Прототип Ju 88V58 (GI+BV. W.Nr. 700001) облетали 24 июня 1943 года. На самолет устанавливали двигатели BMW 80ID мощностью 1250 кВт/1700 л.с. фюзеляж самолета был взят от Ju 88R-2, а оперение от Ju 188.
У самолета были по иному размещены выхлопные трубы и усилено бронирование кабины. Вооружение составляли целых шесть пушек MG 151/20 с боезапасом 200 выстрелов на ствол. Эти пушки размещались в подфюзеляжной гондоле и в носовой части фюзеляжа. В задней установке монтировали пулемет МО 131. Вместо постоянной антенны использовали выдвижную мачту, антенну FuBl 2 заменили на FuG 25 (штыревая антенна) и FuG 16ZY (рамочная антенна). Под левым крылом размещалась антенна альтиметра FuG 101. Кроме всего, перечисленного выше, на самолет устанавливали радар FuG 212.
Junkers 88G-1
В конце 1943 года с конвейера сошел первый самолет Ju 88G-I. который был полностью похож на Ju 88V58, но оснащался радаром FuG 220 вместо FuG 212. На самолетах Ju 88G-1 первых выпусков ставили обтекатели выхлопных патрубков. На самолетах поздних выпусков выхлопную систему переделали. На самолете увеличили площадь элеронов и установили резак тросов аэростатов Kuto Nase. Самолет оборудовали модернизированным комплектом радио- и навигационного оборудования. Изменилось размещение членов экипажа в кабине самолета. На некоторых самолетах устанавливали систему наддува GM 1. Стандартным вооружением самолета были четыре MG 151/20 калибра 20 мм, размещенные в подфюзеляжной гондоле. На некоторые истребители, сразу за кабиной, устанавливали Schraege Musik. На бомбодержателях ЕТС 500 можно было подвешивать сбрасываемые топливные баки. В конце войны истребители Ju 88G стали играть роль ночных бомбардировщиков.
27 июля 1943 года были проведены сравнительные испытания Ju 88G-1 с новым ночным истребителем Не 219 Uhu.
13 июля 1944 года самолет Ju 88 G-1 (4R+UR) из 7./NJG 2 по ошибке приземлился на аэродроме в Вудбридже (Эссекс). В руки союзников попали новейшие радары FuG 220 Lichtenstein SN-2 и FuG 227 Flensburg. Изучив аппаратуру, англичане сняли со своих самолетов радиолокатор Monica.
У Ju 88G-1 поздних выпусков на месте снятой пушки MG 151/20, установили антенну Morдne (FuG 16ZY). На самолетах Ju 88G-1 не было нижней установки. Антеннам радаров придали обтекаемую форму. Выхлопная труба открывалась у основания мотогондолы. На самолетах использовали металлические пропеллеры VDM.
Junkers 88G-6
Самолеты Ju 88G-6 оснащались двигателями Jumo 213 мощностью 1286 кВт/1750 л.с. с деревянными винтами VS-111. Воздухозаборник компрессора располагался с правой стороны, система охлаждения двигателя была модернизирована. Выхлопные трубы получили пламегасители.