В операции WSERUBUNG, вторжении Германии в Данию и Норвегию, командование люфтваффе задействовало 573 Ju-52/3m. Вторжение началось 9 апреля 1940 г. Помимо обычной для транспортных самолетов работы по доставке людей и грузов, Юнкерсы совершили трудные, но удачные полеты на десантирование парашютистов. Воздушные десанты были сброшены на норвежские аэродромы Осло-Форнебю и Ставангер-Соло, кроме того парашютисты захватили мост в районе города Вординборг. Тринадцать Ju-52/3m из KGzbV-102 доставили артиллерию немецким войскам, действовавшим в районе Нарвика. Самолеты успешно совершили посадку на лед озера Хартвиганн, однако из-за нехватки горючего не смогли взлететь и были брошены экипажами. Самолеты утонули в озере весной, когда растаял лед. Всего в ходе операции WSERUBUNG самолеты Ju-52/3m перевезли 29 000 человек, 2660 т груза и 118 000 л авиационного бензина.
Операция FALL GELB — вторжение в Западную Европу — началась 10 мая 190 г. В ней было задействовано 430 самолетов Ju-52/3m. Юнкерсы буксировали планеры DFS-230 с десантом на борту. Перед десантниками стояло задание захватить бельгийский форт Эбен-Эмаэль, задание было успешно выполнено. Меньше повезло экипажам Юнкерсов, высаживавших парашютистов над Голландией: голландская ПВО основательно пустила кровь медлительным транспортникам. В целом операция FALL GELB завершилась полным успехом, однако потери в транспортных самолетах были очень большими — люфтваффе лишились более половины всех Ju-52/3m. Потери пришлось восполнять не только постройкой новых самолетов, но и реквизицией самолетов Ju-52/3m вместе с экипажами у авиакомпании Дойче Люфтганза.
Начиная с февраля 1941 г. самолеты Ju-52/3m начали регулярные полеты в Северную Африку с целью снабжения действовавшего в Ливии корпуса «Африка». Самолеты одной группы из KGzbV-1 постоянно летали из Комизо, Сицилия, через Средиземное море. Большинство самолетов выполняло по три полета в день, проводя в воздухе до 12 ч. Ежедневно Юнкерсы в среднем перевозили в Северную Африку до 1000 солдат и по 25 т грузов. Медлительные и неповоротливые Ju-52/3m являлись легкой добычей для истребителей союзников — потери люфтваффе в транспортных самолетах росли.
Вторжение на Крит — операция MERCUR — началось 20 мая 1941 г. На остров был высажен воздушной десант численностью 8500 человек, в операции принимало участие 493 самолета Ju-52/3m. Юнкерсы не только сбрасывали парашютистов, но и использовались в качестве буксировщиков десантных планеров. Крит пал после 11 дней боев, потери десанта составили 4000 человек, а люфтваффе лишились еще 151 трехмоторного Юнкерса. Захват Крита — самая крупная операция парашютно-десантных войск Германии в период Второй мировой войны, фактически захват Крита стал и последней воздушно-десантной операцией гитлеровских парашютистов.