Позднее Пирогов отходит от материалистического взгляда на развитие науки. Он вводит такое понятие как «мировые тайны» и подвергает критике материализм и культ науки. Эта критика связана с невозможностью объяснить возникновение жизни (недостаточность атомизма), понимаемого им как учения, исходящего из отвлеченных понятий. «На каждом шагу, мы встречаемся с тяготеющей над нами тайной, скрытой под научными именами. Мы окружены со всех сторон мировыми тайнами». Мыслитель приходит к утверждении биоцентрического мировоззрения, к признанию вечности, всеюдности жизни, беспредельности «океана жизни», к осознанию значимости мирового ума. Ум каждого человека – проявление высшего, мирового, жизненного начала, которое ученый обнаруживает во всей вселенной. «Я» – это олицетворение и воплощение мирового разума. Мировая мысль сделала своим органом вселенную и мозг человека. «Для меня, – размышляет Пирогов, неоспоримо то, что высшая мировая мысль, избравшая органом вселенную, проникая и группируя атомы в известную форму, сделала и мой мозг органом мышления». Под мировым разумом Пирогов понимает абсолютное, верховное существо, верховную волю Творца, проявляющуюся целесообразно посредством мирового ума и жизни в веществе.
Становится понятным, что мыслитель восстанавливает основные положения религиозного мирообъяснения и рядом с познанием отводит очень большое место вере. Абсолют – это Бог, мировой разум, по существу все эти понятия тождественны также с понятием мировой души.
Для ученого вера присутствует в начале пути познания, которое, пройдя путь сомнения и критики, возвращается к вере. По Пирогову идеалы, прежде всего, этические и религиозные, служат основанием веры, они выше знания. Эту же мысль он проводит по отношению к образованию и воспитанию детей.
В 1856 году Пирогов опубликовал несколько ярких статей под общим названием «Вопросы жизни». В этих статьях он защищает примат воспитания над образованием. Статьи имели огромный успех и были перепечатаны в разных изданиях, в том числе и за рубежом.
В «Вопросах жизни» он писал, что система воспитания озабочена тем, чтобы подготовить молодого человека, только и думающего о том, как скорее выступить на практическое поприще, где воображение ему представляет удачное место по службе, корысть, т.е. типичного карьериста, для которого нет ничего святого, кроме личной выгоды, кроме стремления занять в обществе более выгодное положение. Как это созвучно с нашим временем – начало XXI столетия. Сегодня наша средняя и высшая школы стоят перед решением тех проблем, которые были во второй половине XIX века в России. В статье «Быть и казаться» Пирогов, продолжая отстаивать необходимость воспитания человека, внутренне собранного, честного и правдивого, свободного от внешне показного, поддельного, в связи с чем он и настаивал на том, чтобы из системы воспитания были исключены те средства, которые могли отрицательно влиять на молодую неокрепшую душу ребенка. Иногда учителя воспитывают в ребенке ложь и лицемерие бессознательно, приучают казаться не тем, чем он есть на самом деле. Интересны его замечания об участии детей на сцене, боясь, что это будет развивать такие черты как неискренность, поддельность. Он был противником образования, когда ребенку давали только знания, не прививая ему нравственные ценности предшествующих поколений.
Понятие человек, отмечал Пирогов, в системе воспитания заменено понятием специалист, механик, врач, юрист и т.д. Его статьи в журнале «Русская школа» о воспитании вызвали бурную реакцию среди интеллигенции России. Н. Чернышевский, Н. Добролюбов, К. Ушинский с восторгом встретили новое слово великого хирурга о воспитании. К.Д. Ушинский в своей статье «Педагогические сочинения Н.И. Пирогова» писал: «Н.И. Пирогов первый из нас взглянул на дело воспитания с философской точки зрения и увидел в нем не вопрос школьной дисциплины, дидактики или правил физического воспитания, а глубочайший «вопрос жизни», и действительно, это не только вопрос жизни, но и величайший вопрос человеческого духа»[3]. Человеческий дух формируется в сочетании веры и знания. Вера для Пирогова означала живое ощущение Бога, и, воспитывая детей в духе православия, он зажигает свет, открывает правду религиозного понимания мира.