Святителя Иону похоронили рядом с могилами других митрополитов в Успенском соборе московского Кремля.
Василий Темный узнал о кончине Ионы во Владимире, где он «весновал» (то есть проводил весну) с полками по случаю начавшейся войны с казанскими татарами. Там, во Владимире, были и старшие сыновья Слепого — Иван и Юрий (46, 654). Вероятно, Василий искренне скорбел об усопшем. Как глава Церкви Иона много сделал для успокоения страны и укрепления трона в последние годы смуты и после ее окончания.
Основатель и первый глава независимой от Константинополя Русской Православной Церкви, митрополит Иона уже по одному этому должен был быть причислен к лику святых. Местное почитание святителя началось в Москве сразу по его кончине. Отмечали, что лицо лежавшего в гробу митрополита было не как у мертвых, «но яко спящу показуюся, за преславное и великое его житие» (17, 273). Почитание Ионы усилилось с 1472 года, когда при постройке нового Успенского собора были обретены его нетленные мощи. В 1547 году решено было чествовать святителя Иону как общерусского святого.
Предпринятый Василием Темным в начале 1461 года поход на казанских татар завершился вполне благополучно. Хан выслал навстречу русскому войску своих послов с мирными предложениями, которые устраивали великого князя. Во Владимире был заключен мир. Впрочем, этот первый мир с Казанью лучше было бы назвать перемирием: у Московской Руси впереди было еще немало войн с беспокойным восточным соседом.
Вернувшись в Москву, Василий Темный вместе с иерархами приступил к избранию нового митрополита. Вопрос о наследнике обсуждался еще при жизни престарелого Ионы, который назвал и благословил своего преемника. Выбор святителя пал на ростовского архиепископа Феодосия Бывальцева. Этого иерарха хорошо знали в Москве. В течение десяти лет он был архимандритом Чудова монастыря в московском Кремле — любимого детища святителя Алексия. С этого поста в июне 1454 года митрополит Иона взял его на освободившуюся с кончиной архиепископа Ефрема (29 марта 1454 года) ростовскую кафедру. Хиротония (рукоположение) Феодосия состоялась, судя по всему, в Неделю всех святых — 16 июня 1454 года. В следующее воскресенье, 23 июня 1454 года, новопоставленный владыка торжественно въехал в Ростов (30, 184).
Едва успев утвердиться на ростовской кафедре, Феодосии чуть было не потерял ее. Митрополит Иона «въсхоте сан снять с него» (27, 263). Причиной (или поводом) для опалы стало самоуправство нового владыки в весьма щепетильном вопросе о соотношении постов и праздников. Согласно церковным уставам, строгость поста ослабевала в воскресные дни и праздники. Однако степень послабления в те или иные дни определялась по-разному. Эта тема издавна вызывала споры в среде духовенства. В 1455 году Крещенский сочельник, день строгого поста, приходился на воскресенье 5 января. Новый владыка «повеле мясо ясти в навечерии Богоявления» (27,263). Такое толкование устава о посте предлагал еще митрополит Фотий в одном из своих посланий (73, 500). Однако решение Феодосия вызвало ропот духовенства. Дело дошло до митрополита Ионы, который счел, что архиепископ превысил свои полномочия. Известно, что Иона был крут в обращении со своими недругами. Вот и теперь он решил примерно наказать самоуправца и снять с него епископский сан. Дело разбиралось на особом церковном соборе, в присутствии Василия Темного и бояр. Феодосия спасло только заступничество великой княгини Марии Ярославны, которая «отпечаловала его у митрополита» (27,263). Независимый летописец замечает, что помощь княгини была куплена ценой щедрой взятки: «…а взя у него село Петровское от печалования» (27,263).
В этой истории ярко отразились не только нравы московского двора, но и характер будущего митрополита Феодосия. Это был истинный ревнитель благочестия. Он не боялся нарушать традицию, если считал, что она расходится с истиной. Вместе с тем он был близок к великокняжеской семье и особенно — к великой княгине Марии, имевшей обширные владения в Ростовской земле.
Благодаря вмешательству великокняжеской семьи Иона вынужден был простить Феодосию его самонадеянность. Со временем он и вовсе изменил отношение к ростовскому владыке и даже счел возможным назвать его своим преемником на митрополичьей кафедре.
Наличие общепризнанного кандидата значительно ускоряло процедуру избрания собором великорусских епископов нового главы Церкви. Согласно большинству летописей это произошло в воскресенье 3 мая 1461 года, — даже до окончания 40-дневного траура по Ионе (17, 273; 29,156)!
(Типографская летопись называет другую дату — суббота 9 мая, на 40-й день по кончине митрополита Ионы (30, 185). Но и в том и в другом случае такая поспешность вызывает недоумение. Впрочем, первая дата кажется более достоверной еще и потому, что поставление иерархов обычно совершалось в воскресенье.)