Через неделю после столкновения из-за Федора Воронцова великий князь отправился «в Сергиев монастырь помолитися», из Троицы поехал в Волоколамск, затем в Можайск и вернулся в Москву лишь поздней осенью. В жизни молодого монарха подобные поездки были внове и свидетельствовали о том, что его образ жизни начинает приближаться к образу жизни правителя, неотъемлемой частью которого были посещения подвластных территорий.
Великого князя в этой долгой поездке сопровождали бояре. Имена их нам неизвестны, но судя по тому, что произошло дальше, некоторые из них принадлежали к числу противников Шуйских и побуждали великого князя к решительным действиям против них. Из предшествующего изложения видно, что у великого князя были все основания для антипатии к этим предводителям боярства, которые в борьбе за власть неоднократно проявляли открытое пренебрежение к нему.
29 декабря 1543 года великий князь, как сообщается в официальной истории его царствования, «велел поимати первого советника... князя Андрея Шюйского и велел его предати псарем, и псари взяша и убиша его, влекуще к тюрмам». Последняя деталь как будто указывает на то, что первоначально предполагалось заключить боярина в тюрьму, а убит он был, когда с этим возникли какие-то сложности. Убийство вожака деморализовало всю группировку Шуйских, и его сторонники, не оказывая сопротивления, отправились в ссылку. Вместе с тем убийство боярина без суда и следствия свидетельствовало о том, что великий князь и те, кто стоял за его спиной, были, очевидно, убеждены, что легальными средствами осуществить смену власти им не удастся.
В официальной истории правления Ивана IV, откуда мы черпаем сведения об этом событии, сказано, что великий князь приказал убить князя Андрея, «не мога того терпети, что бояре безчиние и самовольство чинят... и многие неправды земле учиниша в государеве младости». Позднее к этому тексту было сделано добавление: «От тех мест начали боляре от государя страх имети». Нет сомнений, что в более поздние годы царь желал, чтобы это событие выглядело именно так в глазах читателей.
Однако все исследователи сходятся на том, что боярскому правлению не был положен конец, а сам великий князь позже не уделял большого внимания государственным делам и был далек от желания исправлять «неправды», причиненные «земле» боярскими правителями. Характерно, что один из осведомленных современников, автор Продолжения Хронографа редакции 1512 года, ничего не знал об участии великого князя в этом событии, записав лишь, что князя Андрея «убили... псари у Курятных ворот во дворце, повелением боярским». Есть все основания полагать, что события завершились сменой боярских группировок, стоявших у власти: место Шуйских заняли их противники. Главную роль среди последних играли Воронцовы. Сосланный Шуйскими Федор Воронцов к началу 1544 года получил сан боярина.
Тем не менее в образе жизни молодого правителя произошли заметные перемены. Когда вскоре после убийства князя Андрея Шуйского великий князь отправился на богомолье в Калязин монастырь, его уже сопровождало «бояр множество». Бояре пока еще не боялись своего государя, но было ясно, что его неприязнь может нанести серьезный ущерб любой из боярских группировок, находящихся у власти. Именно в этой новой ситуации опекуны стали стараться угождать всем прихотям своего государя (о чем говорит приведенное выше свидетельство Курбского). Теперь великому князю уже не приходилось жаловаться на скудное содержание.
Пришел конец и постоянному пребыванию великого князя в Москве. Он стал совершать все более длительные поездки по стране. Так, отправившись в мае 1545 года в Троице-Сергиев монастырь, великий князь поехал оттуда на север через Переславль-Залесский — в Ростов, а затем в Ярославль и на Белое озеро. В путешествии он навестил едва ли не все «заволжские обители» — Кирилло-Белозерский, Ферапонтов, Корнильев Комельский, Павлов Обнорский монастыри. В написанном много лет спустя послании в Кирилло-Белозерский монастырь царь вспоминал, что в первое его пребывание в Кириллове он и его свита, не привыкшие к долгому летнему дню, опоздали к ужину и монастырский подкеларник отказался их кормить («государя боюся, а Бога надобе больши того боятися»). Путешествие продолжалось несколько месяцев, а уже в сентябре Иван снова отправился к Троице, а оттуда — в Александрову слободу и в Можайск. Такое долгое отсутствие в столице молодого великого князя говорит о том, что решение текущих государственных дел вполне осуществлялось без его участия.
Длинный перечень «заволжских» обителей, посещенных великим князем, мог бы навести нас на мысль, что уже в то время Ивана Васильевича глубоко интересовала внутренняя жизнь церкви и симпатии его принадлежали живущим в заволжских обителях «нестяжателям», суровым аскетам, учившим, что церковь не должна обладать земельными владениями. Однако такому путешествию можно дать и более простое объяснение.