Неудивительно, что новгородские пищальники, вошедшие в состав стоявшей в районе Коломны армии, решились обратиться с «челобитьем» (прошением) к самому великому князю. Произошло это, когда молодой государь захотел «на прохлад поехати потешиться». Пищальники начали «бити челом», то есть пытались изложить свои просьбы, но великий князь «велел их отослати». Когда пищальники стали настаивать на своем, он приказал дворянам прогнать их силой. Завязался бой, с обеих сторон были убитые. После этого великий князь поручил своему дьяку Василию Захарову Гнильевскому расследовать, «по чьему науку быть сие супротивство». Атмосфера интриг и борьбы за власть, в которую оказался погружен великий князь с того времени, как он стал участвовать в политической жизни, приучала его искать за разного рода выступлениями высокопоставленных организаторов. Дьяк действительно после расследования обвинил в причастности к выступлению трех бояр — князя Ивана Ивановича Кубенского и Федора и Василия Воронцовых. Возможно, бояре обвинялись в том, что советовали пищальникам обратиться с жалобами к великому князю. В официальной истории царствования Ивана IV эти обвинения решительно квалифицируются как клевета, но великий князь им поверил, «с великие ярости наложил на них свой гнев и опалу», а затем приказал отрубить им головы «у своего стану перед своими шатры». С казнью так торопились, что к боярам даже не допустили «отцов духовных», чтобы исповедать их в грехах перед смертью. Автор так называемого «Постниковского летописца» сообщает, что был арестован и боярин конюший Иван Петрович Федоров, которого «в те же поры ободрана нага держали», но он «против государя встреч не говорил, а во всем ся виноват чинил». Очевидно, что жестокость расправы была не в последнюю очередь связана с тем, что арестованные бояре не желали признать своей вины и вступили в спор со своим государем.
Эпически спокойный характер записей о происшедшем говорит о том, что к концу боярского правления казни лиц, занимавших высшие государственные должности, перестали вызывать у кого-либо удивление. Вместе с тем реакция великого князя на «челобитье» пищал ьников, его жестокая расправа с людьми, которые, по его мнению, несли ответственность за происшедшее, свидетельствуют о желании раз и навсегда прекратить непрошеное вмешательство внешнего мира в ту жизнь, полную «потех», которую вел правитель и которая его вполне устраивала.
Иван IV утверждал, что, достигнув пятнадцатилетнего возраста, он начал «сам строити свое государство». Однако, как согласно отмечают исследователи, вмешательство великого князя в государственные дела выразилось в 1546—1547 годах лишь в возвышении его дядьев, братьев Елены Глинской, которые заняли высшие государственные должности. Причины этого вполне понятны. Выросший в обстановке постоянных интриг и борьбы за власть, великий князь хотел опереться в управлении страной на людей, в личной преданности которых он мог быть уверен. А таковыми были прежде всего его родственники по матери, Глинские, всецело обязанные своим высоким положением в русском обществе родству с молодым государем.