Среди казненных за измену и по другим причинам было много опричников, и притом людей видных. По рассказу Штадена выходит, что Иван Грозный обратил свой гнев на недавних фаворитов и вернул свое расположение тем, кто был раньше под его опалой. В Записках о Московии рассказывается: "Великий князь принялся расправляться с начальными людьми из опричнины. Князь Афанасий Вяземский умер в посаде Городецком в железных оковах, Алексей (Басманов) и его сын (Федор), с которым великий князь предавался разврату, были убиты. Малюта Скуратов был убит в Лифляндии под Вейсенштейном: этот был первым вкурятнике! По указу великого князя его поминают в церквах и до днесь. Князь Михаил сын (Темрюка) из Черкасской земли, шурин великого князя, стрельцами был насмерть зарублен топорами и аллебардами. Князь Василий Темкин был утоплен. Иван Зобатый был убит. Петр Suisse (может быть Щенятев?) – повешен на собственных воротах… Князь Андрей Овцын – повешен в опричнине на Арбатской улице; вместе с ним была повешена живая овца. Маршалк Булат хотел сосватать свою сестру за великого князя и был убит, а сестра его изнасилована 500 стрельцами. Стрелецкий голова Курака Унковский был убит и спущен под лед…"
Рассказав о сожжении Москвы в 1571 г., когда сгорел и опричный двор, Штаден добавляет: "С этим пришел опричнине конец и никто не смел поминать опричнину под следующей угрозой: (виновного) обнажали по пояс и били кнутом на торгу. Опричники должны были возвратить земским их вотчины. И все земские, кто (только) оставался еще в живых, получили свои вотчины, ограбленные и запустошенные опричниками".
Те историки, которые считают опричнину капризной выдумкой Грозного, согласны принять объяснение, данное Штаденом, в буквальном смысле слова.
Они думают, что благоволение Грозного к опричнине, его любимому детищу, пошатнулось, с конца 1570 г.., в связи с новгородским делом, когда обнаружилась измена иных из очень видных опричников; что недовольство Грозного опричниной усилилось после нашествия крымского хана в 1571 г., которого не сумела отбить опричная армия. Они приходят к тому заключению, что Грозный (не только разочаровался, но и раскаялся в создании опричнины, что, вслед за устранением ее наиболее ненавистных форм, он заменил ее в 1572 г. совершенно иным, новым учреждением под названием "двора".
Можно ли последовать за учеными, которые высказывают столь решительное суждение и опорочивают, таким образом, во-первых, реформу 1565 г., создавшую разделение державы на опричнину к земщину, а во-вторых, политику Грозного в целом, представляя ее в виде резких, судорожных порывов, совершаемых под давлением "распаленного гнева" и тому подобных мотивов?
Тут все зависит от того, как понимать "опричнину". Если разуметь под этим термином разнузданные бесчинства опричников, то, без сомнения, в течение 1570-1572 гг. ей был положен конец; таким людям, как ловкий иностранец, бандит и спекулянт Штаден, не стало места на службе в "государевом уделе". Произошли массовые отставки, и этот возобновленный "перебор людишек" дал совсем иные результаты, чем в 1565 г. Но именно только в пересмотре личного состава и заключалась вся перемена. Никакой реформы, ни стратегической, ни административной, ни земельной, не произошло в 1572 г. Учреждение, созданное в 1565 г., развившее дальше военную реформу 1550 г., продолжало существовать и после 1572 г., продолжало развивать намеченные раньше преобразования.
Эту непрерывность развития превосходно показал П. А. Садиков в своем исследовании "Московские приказы-"четверти" во времена опричнины".
Если с легкой руки представителей княжеской и боярской оппозиции историки XIX века любили говорить о беспорядочном ограблении Иваном Грозным и его опричниками всего Замосковного края, то историк нашего времени противопоставляет этим голословным утверждениям документально обоснованные факты, которые показывают, что в администрации опричнины вырабатывалась все время очень обдуманная финансовая и аграрная система. П. А. Садиков весьма высоко оценивает конструктивную работу, совершавшуюся в пределах опричной территории. Он говорит по этому поводу: "Врезавшись клином в толщу московской территории, "государев удел" должен был, по мысли Грозного, не только явиться средством для решительной борьбы с феодальными князьями и боярством путем перетасовки их земельных владений, но и организующим ядром в создании возможностей для серьезной борьбы против врагов на внешнем фронте".
Иван Грозный выделил себе особое ведомство, в котором усердно занялся финансовой администрацией, необходимой для успешного ведения войны, стал систематически, шаг за шагом, строить государственное хозяйство.