Другим вариантом, предназначавшейся для борьбы с судоходством противника, был Ju 87 С (С как Цезарь), который должен был базироваться на авианосцах. Для находившегося в постройке первого авианосца Кригсмарине «Граф Цеппелин» (Graf Zeppelin, так окончательно и не достроенного) сформировали специальную часть пикирующих бомбардировщиков — 4.(Stuka)/ Tragergruppe 186 (4 эскадрилья пикировщиков 186 палубной группы). Работы над версией Ju 87 С начались в конце 1938. Два самолета Ju 87 В были переоборудованы в два прототипа варианта С и облетаны в марте и апреле 1939. Дальнейшие десять предсерийных машин С-0 были закончены на заводе Берлин-Темпельхоф летом 1939. Самолеты версии С имели меньший на 0,6 м размах крыльев и механизм, позволяющий складывать их назад. Под фюзеляжем монтировался посадочный крюк, а также крепление для поводка палубной катапульты. Стойки шасси снабжались небольшими подрывными зарядами, позволяющими отстреливать основное шасси в случае аварийной посадки на воду для предупреждения возможного капотирования. У Ju 87 С отсутствовали сирены, а планер получил дополнительное уплотнение, чтобы продлить время нахождения машины на водной поверхности при вынужденном приводнении. В виде аварийного снаряжения имелся надувной резиновый спасательный плот. D случае установки дополни тельных топливных баков (по два в фюзеляже и на крыльях) общий запас горючего возрастал до 2500 литров, что увеличивало дальность Ju 87 С до 1100 км. На самолетах этой версии устанавливалось оборудование для быстрого слива топлива, обеспечивающее опорожнение всех баков в течение одной минуты. Из заказанной серии в 170 машин Ju 87 С-1 было построено только несколько экземпляров, которые причислили к Испытательному центру в Рехлине, где еще в июне 1942 на них проводили различные пробы. Остальные планеры версии С-1, имевшие частичную готовность, закончили в версии В-2.
Сведения, собранные во время сентябрьской кампании в Польше в 1939, убедили руководство Люфтваффе в необходимости модернизации самолетов Ju 87.