Последнее распоряжение свидетельствовало о трудностях, возникших с выявлением еретиков. Более того, примерно тогда же произошел эпизод, поощрявший уклонение от данных приказов. Жуану Мигесу, он же Иосиф Наси, позже герцогу Наксосскому, удалось добиться освобождения своей тетки, Грасии Мендес, арестованной в Венеции по подозрению в ереси. Такому шагу способствовали внутренняя и внешняя политика, а также экономические соображения. В середине XVI века крупнейшим центром иммиграции марранов стал город Феррара, который тогда находился под благосклонным правлением дома Эсте. Именно там возникли первые крупные общины марранов в Европе и началось книгопечатание испанской и португальской литературы на местных языках. Однако в 1580 году последовала реакция. Община была расколота; многих марранов посадили в тюрьму, а упорствующих отправили в Рим, где их ждала мученическая смерть. С тех пор место Феррары как крупнейшего приюта для беженцев-марранов заняла Венеция. Все больше марранов перебирались в Венецию, где возвращались к вере своих отцов. Власти, которые с годами научились терпимости, смотрели на расселение марранов сквозь пальцы при одном условии: что они откажутся от напускного христианства, переселятся в гетто и будут носить отличительную метку, как и прочие евреи. Пример подобного либерального отношения к марранам подавали многие папы римские эпохи Возрождения – до того, как католическая реакция повлияла на их взгляды. Впрочем, скорее всего, венецианские власти руководствовались не духовными, а экономическими соображениями. Если бы марранам не позволили остаться в Венеции, они двинулись бы дальше на Восток. Республика предпочла немного уступить, но не позволять этим потенциально ценным поселенцам увозить свои богатства и способности в Османскую империю и содействовать ее обогащению и процветанию.
В Венеции существовал трибунал инквизиции, который должен был следить за чистотой веры. Однако в подобных вопросах власти Светлейшей не склонны были слишком подчиняться папскому престолу. Инквизиции позволялось действовать в довольно ограниченных рамках. Так, ей позволялось лишь возвращать неверных к Богу или сажать еретиков в тюрьму. В начале XVII века, когда имела место знаменитая ссора между папским престолом и Венецианской республикой (в которой фра Паоло Сарпи, рискуя жизнью, энергично защищал превосходство светской власти), власть святой инквизиции в Венеции еще больше ограничили. Сам Сарпи, однако, считал крещение самых первых христиан-марранов недействительным, так как оно происходило под угрозой или насильно; поэтому он сомневался в какой-либо власти инквизиции во всех подобных вопросах. Инквизиция становилась все менее могущественной и могла влиять лишь на тех, кто сохранял ложный покров христианства и таким образом представлял подлинную угрозу для истинной веры. Во второй половине XVI века местный трибунал взял реванш, подвергнув пыткам около 20 марранов, подозреваемых в том, что они тайно исповедуют иудаизм. В течение следующих 120 лет до трибунала доходила лишь половина подобных дел; в половине случаев обвинения не вели ни к каким преследованиям.
Тем временем черты марранов до некоторой степени изменились. Они уже не были несчастными беженцами без гроша в кармане, которые спасались от преследования инквизиции. Все чаще марраны пополняли ряды преуспевающих купцов, которые заняли прочное положение на Пиренеях и теперь желали перевести свои капиталы и свои предприятия в такое место, где они могли спокойно поклоняться богу своих отцов. Такие иммигранты, как они, способствовали процветанию любого государства; разумные правители охотно привлекали их в свои страны. В 1589 году, когда Даниэль Родригес, еврей с Пиренейского полуострова, пытался наладить торговлю Венецианской республики через новый вольный порт Спалато (Сплит) в Далмации, благодаря его вмешательству значительному числу испанских и португальских евреев-торговцев позволили поселиться в Венеции. Марранов селили в Старом гетто, вместе с левантийскими евреями; они пользовались теми же привилегиями и той же защитой, что и последние, и им так же запрещалось заниматься чем-либо другим, помимо оптовой торговли. Впоследствии их включили в периодически возобновляемый договор (condotta) с левантийскими евреями, с которыми их положение сливалось почти во всех отношениях. Так, помимо выходцев из Германии и Леванта, в гетто появилась третья «нация», представителей которой называли «понентине» или «западники».