Из-за зимнего периода, испытательную программу пришлось проводить с лыжами, установленными на основных стойках шасси вместо колес. Но даже с дополнительным аэродинамическим сопротивлением от лыж, характеристики нового истребителя выглядели внушительно. ЦКБ-12 достиг скорости 306 км/час на уровне моря, а ЦКБ-12бис показал еще более высокий результат – 351 км/час. Оба легчика-испытателя отмечали высокую четкость управления самолетом и его высокую маневренность -ЦКБ-12 совершал полный разворот (на 360 0) всего за 15,5 секунд. С другой стороны, самолет был очень неустойчив на высоких скоростях, что делало его управление очень трудным. Оба летчика-испытателя указали, что новым истребителем могут управлять только пилоты высокой квалификации.
Тем временем, ВВС РККА, несмотря на выявленные недостатки, проявили большую заинтересованность в ЦКБ-12.
После окончания испытаний, оба опытных образца были возвращены на завод, для устранения замечаний. Их список был обширен, и включал перегрев двигателя, плохую управляемость на высоких скоростях, ненадежное крепление вооружения в крыле и т.д. ОКБ Поликарпова приступило к работе по решению этих проблем, в результате конструкция самолета была усовершенствована.
В апреле 1934 года, были возобновлены Государственные испытания. Так как снежный покров уже сошел, то посадочные лыжи на стойках шасси были заменены колесами. А ввиду того, что все полеты выполнялись с фонарем кабины установленном в открытом положении, посадочная дверца на левом борту фюзеляжа была ликвидирована. Часть испытательной программы, самолет прошел и без прицела ОП-1, но позже он снова был установлен, для выполнения программы испытания вооружения.
Испытательные полеты обоих опытных образцов очень быстро показали, что значительное число недостатков самолета так и не было ликвидировано, в том числе ненадежная работа ручного механизма уборки и выпуска шасси. В ходе проверок на земле механизм уборки шасси, работал нормально, но в воздухе это устройство часто давало отказы. Иногда, стойки шасси удавалось вы пустить только благодаря энергичным маневрам самолета с высокими перегрузками.
Неустойчивость самолета во время набора высоты и разворотов требовала от пилота большого внимания, а жесткое крепление двигателя вызывало сильные вибрации и вело к его быстрой утомляемости. Для приведения в действие лебедки уборки шасси требовались большие усилия, в результате было очень затруднительно одной рукой крутить рукоятку механизма выпуска шасси, а другую держать на ручке управления самолетом. Стойки шасси также имели тенденцию застревать в частично убранном положении.
Именно из-за неисправности шасси ЦКБ-12бис в ходе Государственных испытаний потерпел аварию. И даже после того, как механизм уборки шасси был перепроектирован, он все еще работал не совсем надежно. У ЦКБ-12 имелось и множество иных проблем, типа повреждений полотняной обшивки крыла, особенно на центроплане. Все это было отмечено в отчете по результатам испытаний, в соответствии с которым, как ЦКБ-12, так и ЦКБ-12бис были признаны не готовыми к производству. ЦКБ- 12 вернули на завод для доработки.
В сентябре 1934 года, ЦКБ-12 и восстановленный после аварии ЦКБ-12бис, который получил новый двигатель Wright Cyclone SGR-1820-F-3, были в третий раз переданы в НИИ ВВС для проведения очередного цикла испытаний. В ходе модернизации в конструкцию прототипов было внесено множество усовершенствований. Полотняную обшивку центроплана и передней кромки крыла заменили металлической, это позволило ему сохранять соответствующий профиль в широком диапазоне нагрузок и скоростей. А на ЦКБ-12бис трехлопастной воздушный винт Hamilton-Standard, заменили двухлопастным.
Во время этой программы испытаний, ЦКБ-12 достиг скорости 325 км/час (на высоте 5000 м), потолка в 7180 метров и продемонстрировал скороподъемность 532 метра в минуту. Эти характеристики были существенно ниже, чем аналогичные данные ЦКБ-12бис с двигателем Wright Cyclone, который показал максимальную скорость 413 км/час (на высоте 5000 м), потолок 8800 метров и скороподъемность 806 метров в минуту.