Инструкцию подписали к печати на второй день войны — 23 июня 1941 г. Но в тот день вряд ли хоть кто-нибудь вспомнил об этих документах. Перекрашивать машины заставила сама война… «Инструкция по маскирующей окраске самолётов ВВС Красной Армии» с приведёнными в ней схемами не могла своевременно попасть во фронтовые части, но для камуфлирования истребителей ЛаГГ-3 на заводах её использовали без существенных отступлений.
Руководящим документом для промышленности стал приказ НКАП от 20 июня 1941 г. Переход на двухцветный камуфляж предполагался с 1 июля. Исключение составлял завод № 153: ему, как удалённому от центра, устанавливался срок перехода на две недели позже. Фактически этот приказ разослали по предприятиям уже после начала войны.
Истребители начали камуфлировать как на фронте, так и на заводах. И если в частях камуфляж часто определялся фантазией технического состава, то на заводах через некоторое время ситуация стабилизировалась. Впрочем, в первое время наблюдались различные отклонения от стандартной окраски, вызванные нехваткой лакокрасочных материалов. Так, например, ЛаГГ-3 № 273159, выпущенный заводом № 31 ещё в апреле 1941 г., до июля летал в странной окраске, которую можно было принять за оригинальный камуфляж, а на самом деле основная зелёная окраска была нанесена поверх грунтовочного слоя АII Ал. серебристого цвета неравномерно, мазками.
Кстати, машины выпуска завода № 31, по крайней мере до сентября 1941 г., отличались тем, что звёзды на боковых поверхностях наносились только на фюзеляже и отсутствовали на киле, т. е. отличие от довоенной схемы расположения опознавательных знаков состояло лишь в отсутствии звёзд на крыле.
Завод № 21 отличался большей дисциплинированностью (или лучше снабжался) и в первой половине июля уже сдавал самолёты, окрашенные по стандартной схеме (порой с небольшими отступлениями). Впрочем, из-за того, что на схеме расположение пятен не определялось какими-либо размерами, даже при значительных их смещениях нельзя было считать камуфляж нестандартным.
Необычная окраска (те же чёрные пятна на зелёном фоне, только другой формы и по-другому расположенные) на ЛаГГ-3 встречалась довольно редко. Например, истребители 44-го иап, действовавшего на Ленинградском фронте, несли чёрные полосы поперёк фюзеляжа и крыла.
Во всех случаях основным колером сверху был зелёный. Цвет аэролака АМТ-4 соответствовал эталону 4БО, определённому в рамках испытаний 1940 г. Для него более подходит название «защитный» или «зелёный с желтоватым оттенком». Покрытие, только что нанесённое этим лаком, несмотря на его название «матовый», было всего лишь полуматовым, что характерно и для всех остальных аэролаков АМТ.
Цвет АМТ-7, которым красили нижние поверхности, более точно можно охарактеризовать как серо-голубой. Впрочем, при хранении допускалось «незначительное изменение расцветки».
Все аэролаки АМТ выпускались в двух вариантах, отличающихся вязкостью: для окраски кистью — с индексом «к», пульверизатором — «п». Номера аэролаков АМТ шли с пропусками, недостающие принадлежали краскам, не нашедшим в то время применения, возможно, они использовались для упоминавшегося выше многоцветного камуфляжа.
Зимой 1941/42 г. верхние и боковые поверхности самолётов окрашивали белой смываемой краской МК-7. Эту краску, неотличимую по цвету от снега как в видимой, так и в ультрафиолетовой области спектра, разработали на основе мела и казеинового клея. Она состояла из пасты (мел, разбавленный водой со спиртом и добавкой 0,1–0,2 % ультрамарина для уничтожения желтоватости мела) и закрепителя (казеиновый клей, перемешанный с водой). Наносилась краска в два слоя пульверизатором или в один-два слоя кистью прямо на летний камуфляж верхних и боковых поверхностей. Слои должны были быть ровными без шероховатостей, через них должно было «слегка просвечиваться основное лакокрасочное покрытие». Самолёты, отправлявшиеся с заводов зимой, окрашивались белой смываемой краской поверх летнего камуфляжа.
Покрытие краской МК-7 было довольно непрочным и, при невыполнении требований инструкции об обновлении, постепенно стиралось, обнажая летнюю окраску. К концу зимы на самолётах сам собой появлялся так называемый «весенний» камуфляж. Впрочем в действующих частях белой краской часто окрашивали не весь истребитель, придавая машинам зачастую весьма причудливый вид.