Эмаль АМТ-11 наносилась в два слоя поверх грунта. При этом последний слой появлялся на истребителе уже после пробного облёта, перед сдачей военной приёмке. Все внутренние объёмы самолёта, включая кабину, покрывали серо-стальной эмалью А-14 в два слоя. В этот же цвет красили стойки шасси и колёса. Лопасти винтов грунтовали и покрывали двумя слоями чёрной матовой эмали АМТ-6. В полках потом иногда красили их кончики в жёлтый цвет.
На капотах моторов истребителей, выпущенных заводом № 21, имелись эмблемы в виде стилизованного силуэта самолёта и надпись «Ла-9». Тактические номера по правилам того времени наносились на заводе перед сдачей заказчику. Они были двузначными и включали две последние цифры заводского номера. Их рисовали на хвостовой части фюзеляжа белой краской.
Для демонстрационных целей (например, парадов) иногда применялась яркая окраска — самолёты были целиком красными или сочетали красный и серый цвета.
Матовая окраска Ла-9 продержалась недолго — менее года. Эмаль АМТ-11 оказалась нестойкой. В эксплуатации она быстро выцветала. Такая окраска не могла продержаться даже год. Потребовались новые эмали для истребителей, создание которых заняло более года. В мае 1947 г. выпустили опытные производственные партии эмалей для войсковых испытаний, и представители ВВС утвердили их эталоны. Во второй половине того же года разработали технические условия на нитроэмали АГТ-16, АМТ-16, масляную эмаль А-36г и пентафталевые эмали ПФ-36м и ПФ-36г. В их обозначениях буква «м» везде означала «матовый», а «г» — «глянцевый». Хотя военные отдавали предпочтение матовым как более выгодным с точки зрения маскировки (они не давали бликов), представители промышленности стремились красить самолёты глянцевыми эмалями — более стойкими к воздействию осадков и обеспечивавшими более гладкую поверхность планера, что улучшало аэродинамику. О двух годах эксплуатации матовых покрытий тогда и речи не могло идти. Правда, и с глянцевыми эмалями не всё было ладно. Их новые разновидности, как и все другие светлые краски, по-прежнему остались подвержены омелению. При этом на поверхности покрытия появлялся белый налёт, легко стиравшийся тряпкой, а само оно светлело. В результате самолёты с глянцевой окраской тоже довольно быстро теряли первоначальный вид, особенно при нередком тогда безангарном хранении.
11 августа 1947 г. МАП выпустило приказ, согласно которому директорам заводов № 21, № 31, № 99 и № 153 предписывалось, не дожидаясь результатов эксплуатационных испытаний новых лакокрасочных покрытий, окрашивать все истребители, включая и Ла-9, светло-серо-голубой глянцевой масляной эмалью А-36г по металлу и нитроэмалью того же цвета АГТ-16 по полотняной обшивке рулей и элеронов. Под АГТ-16 наносили слой грунта AII серебристого цвета (с алюминиевой пудрой). Сдача самолётов в этой окраске должна была начаться уже с 10 сентября. ВВС пришлось согласиться на глянцевый вариант. И, действительно, по отчётам МАП, из облётанных в сентябре 134 Ла-9 около 40 истребителей уже имели новую окраску. В это время горьковский завод № 21 сдавал истребители 12-й и 13-й серий. МАП гарантировало сохранность покрытий в течение 12 месяцев, но при условии «создания нормальных условий хранения и ухода за самолётами».
Одновременно разрабатывались более устойчивые матовые эмали светло-серо-голубого цвета. К 1 октября 1947 г. на заводе № 21 четыре Ла-9 покрасили перхлорвиниловыми эмалями, созданными в ВИАМ. Но эксплуатационные испытания этих самолётов в течение шести месяцев показали, что опытная перхлорвиниловая эмаль оказалась непригодной.
В 1948 г. на заводе № 21 истребители стали красить матовой пентафталевой эмалью ПФ-36м серого цвета. Однако уже в конце года министр авиационной промышленности М. В. Хруничев был вынужден признать, что, несмотря на все проведённые исследования, «необходимых результатов по стойкости лакокрасочных покрытий не получено», что «существующие лаки и краски не могут выдерживать длительного воздействия на них атмосферных изменений (солнце, дождь, снег, обледенение и т. п.) и по имеющемуся опыту в этих условиях могут служить надёжно не более 6–8 месяцев». До внедрения новых лакокрасочных материалов, которые разрабатывали в Министерстве химической промышленности, Хруничев предлагал «временно заменить применяемые в настоящее время лаки и краски светлых расцветок на лаки и краски, изготовленные на основе алюминиевой пудры, или на краски зелёных расцветок». В то же время от ВВС министр требовал «улучшить уход за лакокрасочными покрытиями в войсковых частях и систематически проводить профилактический ремонт этих покрытий, своевременно обновляя повреждённые участки».
В результате через три года после окончания войны вновь ввели окраску самолётов глянцевыми эмалями по довоенной схеме: зелёный верх и светло-голубой низ. В такой расцветке выпускались, например, учебно-тренировочные самолёты УТИЛа-9.