В августе 1892 года, в праздник Явления иконы святителя Николая Дмитрию Донскому, «… посетил Угрешский монастырь Владыка Московский митрополит Леонтий 31 , 9 числа служил литургию и монаха Макария посвятил во иеродиакона, а иеромонахов Виталия, Илария, Мартирия наградил набедренниками» 32 . 12 сентября 1893 года о. Макарий был рукоположён в сан иеромонаха, 11 января 1896 года удостоен серебряной медали на Александровской ленте в память императора Александра III «за труды по церковно – приходской школе» 33 . 8 мая 1898 года о. Макарий был награждён набедренником. За беспорочную службу и педагогическую деятельность ему 6 мая 1899 года преподано благословение Святейшего Синода с грамотой. По собственному прошению о. Макарий был официально уволен от должности законоучителя 4 ноября 1899 года, но фактически продолжал преподавать и после того, как стал настоятелем монастыря.
3 апреля 1905 года на 71–м году жизни скончался настоятель Николо – Угрешского монастыря архимандрит Валентин (Смирнов). По принятому в общежительных монастырях порядку и распоряжению епархиального начальства были проведены выборы нового настоятеля. За иеромонаха Макария проголосовало 39 членов братии из 42–х. В представлении, направленном в Синод митрополитом Московским Владимиром (Богоявленским), особо отмечалось, что избранный иеромонах Макарий «нравственных качеств весьма хороших и к послушанию весьма способен и благонадёжен» 34 .
28 июня 1905 года иеромонах Макарий указом Святейшего Правительствующего Синода был назначен настоятелем Николо – Угрешского монастыря и 15 июля 1905 года митрополитом Московским Владимиром (Богоявленским) 35 возведён в сан архимандрита.
Деятельность архимандрита Макария как настоятеля Николо – Угрешского монастыря. 1905–1917 годыВ бытность архимандрита Макария настоятелем Угрешская обитель процветала, доход монастырь получал от своих владений: лесных дач, мельниц, гостиниц, а также от торговли лекарственной ромашкой в аптеках Москвы и от пожертвований богомольцев 36 .
Судя по донесениям, храмы, хозяйственные постройки, гостиницы и всё имущество монастыря содержалось в полном порядке и чистоте 37 . Очень многое сделал о. Макарий, чтобы материально обеспечить обитель. Монастырские подворья в Москве были капитально перестроены и сданы в аренду.
При архимандрите Макарии монастырь продолжал заниматься широкой благотворительной деятельностью, регулярно отправляя взносы на епархиальные нужды. Например, в 1907 году были пожертвованы в Московский епархиальный комитет в пользу голодающих 25 рублей наличными и 60 рублей ассигнациями 38 , потом ещё 20 рублей 39 . Ежегодно вносились деньги на поддержку Московской духовной семинарии. Из «Ведомости о школах, богадельнях и больницах за 1909 год» 40 узнаём, что «…при существующем странноприимном доме монастыря находится столовая, где кормят обедами и ужинами странников и подаётся кипяток. Чая и сахара от монастыря не полагается», «есть больница на 15 кроватей, при больнице находятся фельдшера с жалованием 30 рублей. В пятницу два раза в месяц приезжает доктор из земской Влахернской лечебницы, который получает 240 рублей в год. В больнице получают советы и даром лекарства крестьяне из соседних селений. Всего в год пребывает больных до 5600 человек». В церковноприходской школе обучалось на 1908/09 учебный год 100 человек, а выбывших в течение года было 16 человек. Число наставников – 4 человека: священник села Котельники Иван Михайлович Ансеров, выпускники духовных семинарий Алексей Петрович Фивейский, Сергей Михайлович Соловьёв 41 , Иван Сергеевич Соколов.