По мнению археологов, следы пожара на белокаменных блоках – это наглядное подтверждение летописного свидетельства о разрушении каменного храма Николо – Угрешского монастыря татарами Магмет – Гирея в 1521 году: «…а царь ходил повоевал до Угреши монастыря святого Николы, монастырь жжог, и у церкви у каменной верх завалися…» 13 ..
Этот храм, в отчёте именуемый храмом – предшественником, находился не на месте нынешнего, поскольку никаких следов основания постройки ранее XVI века на исследованной территории найдено не было. Среди обнаруженных в забутовке деталей вторичного использования есть несколько блоков портала, высеченных в виде снопов. Такие декоративные элементы встречаются в оформлении некоторых храмов конца XV века, в частности церкви Ризоположения Московского Кремля и Воскресенского собора г. Волоколамска. Таким образом, храм – предшественник Никольского собора, сгоревший в 1521 году, мог быть построен в XV веке или даже на рубеже XIV–XV веков.
При возведении исследуемого Никольского собора, для которого было выбрано новое место, частично использован резной белый камень, обломки кирпича, фрагменты фресок, сохранившие следы пожара и остатки первоначального известкового раствора. Обнаружение археологами указанных предметов в ходе раскопок имеет исключительную важность. Тем самым, историчность предания об основании Николо – Угрешского монастыря святым благоверным князем Димитрием Донским приобретает дополнительное подтверждение. Возведение каменного собора во имя небесного покровителя монастыря во второй четверти XVI века также имело особенное значение. Оно свидетельствовало о возрастании значения обители, которой в эпоху первого Московского государя Иоанна Васильевича IV суждено было стать «госдаревым богомольем». Извстно, что Иоанн Грозный неоднократно бывал в обители. По его указу во второй половине XVI века в дворцовом селе Остров была построена каменная шатровая церковь Преображения Господня. В собрании музея – заповедника «Коломенское» имеются иконы из Никольского собора, непосредственно связанные с личностью известнейшего правителя Руси. Это образ «Спас на убрусе и «Не рыдай Мене, Мати» из иконостаса собора, который считается вкладом Грозного в память воинов, погибших в Казанском походе, а также патрональная икона государя – образ святого Иоанна Предтечи 14 .
Исследователи отметили следы многочисленных ремонтов собора, самые ранние из которых – закладки в подклете алтаря – по – видимому, относятся к началу XVII века. В отчёте сообщается: «В ходе исследований был полностью очищен от забутовок южный неф. В прослойке между известью была найдена монета Михаила Фёдоровича. Это подтверждает датировку ранних перестроек подклета в XVII столетии» 15 .
Можно предположить, что первые повреждения Никольский собор получил в начале XVII века, в так называемое Смутное время. Тогда, как известно, обитель оказалась в самой гуще политических событий. Побывал здесь и Лжедмитрий II в окружении поляков. Вероятно, освящение храма в 1614 году в присутствии государя Михаила Фёдоровича было «чином обновления», совершённым после ремонта, следы которого обнаружены в ходе раскопок. По всей видимости, тогда же к храму с трёх сторон были пристроены обходные галереи – гульбища.