В самом конце сентября 1940 года Анна Николаевна Илюнина встретила Ярослава Васильевича на берегу пруда по дороге к гаражу, куда он шёл с вещмешком за плечами: видимо, вопрос о прописке был к тому дню уже окончательно решён. На руках молодая женщина держала полугодовалого малыша Кирюшу, не дававшего покоя матери ни днём, ни ночью. Смеляков не видел свою бывшую сотрудницу около года и очень обрадовался неожиданной встрече, но было видно, что он жалеет измотанную, сильно похудевшую Анну. Говорили они недолго, но очень душевно. «Ну, прощай, увидимся ли ещё?» – были его последние слова.
Перед войной молодой поэт плодотворно работает. Он пишет цикл «Крымские стихи», его произведения выходят в свет в «Молодой гвардии», «Литературной газете», «Красной нови», журнале «30 дней». Из его лучших произведений 1940–1941 годов наиболее известны «Если я заболею, к врачам обращаться не стану…» и «Хорошая девочка Лида». В августе 1940 года под редакцией В.В. Казина подготовлена к публикации новая книга стихов Смелякова, куда он включил и лучшие произведения, написанные на Угреше. К сожалению, брошюру так и не выпустили.
В фашистском плену, советском лагере и ссылкеВ мае 1941 года Смелякова призвали в армию из резерва, зачислили рядовым во 2–ю легкострелковую бригаду и направили в Карелию. Осенью 1941 года во время тяжёлых боёв на подступах к Ленинграду он вместе со своей частью попал в окружение и затем в плен к финнам, воевавшим на стороне фашистов. В лагере он пробыл три года, испытав все тяготы подневольного труда на финской ферме, куда пленных сопровождали конвоиры с овчарками. Обращались фашисты с узниками жестоко. Не один раз пришлось Смелякову сносить сильные удары по лицу прикладом просто за пристальный взгляд на конвоира. Друзьям о нём не было ничего известно, ходили слухи о его гибели. Евгений Долматовский даже написал трагическое стихотворение, посвящённое его памяти. Лишь Маргарита Алигер полагала, что Ярослав жив: вернувшись из эвакуации зимой 1942 года, она неожиданно нашла дома кольцо, подаренное Смеляковым, которое снова куда – то задевалось в её квартире перед отъездом в октябре 1941 года.
Осенью 1944 года между финской и советской сторонами был произведён обмен военнопленных. Из фашистского лагеря вместе с товарищами по несчастью Смеляков попал в наш проверочный лагерь. В 1946 году его освободили из заключения, но в Москву вернуться не разрешили. Не довелось ему больше бывать и в Дзержинском. Ни с Марией Мамоновой, в замужестве Проворовой, прожившей в посёлке всю жизнь 13 , ни с Валентиной Макаровой – Климович он не встретился. В начале Великой Отечественной войны Валентина Аркадьевна эвакуировалась куда – то в Сибирь, где, видимо, осталась на постоянное жительство.
Смелякова направили в Сталиногорск (ныне Новомосковск) Тульской области. Ярослав работал на шахте в пос. Донском, потом был помощником заведующего банно – прачечным комбинатом, сотрудничал в газетах «Сталиногорская правда» и «Московская кочегарка», где выходили его заметки и стихи. В штат «Сталиногорской правды» Смелякова приняли при содействии главного редактора Константина Ивановича Разина.