Ориген, преемник Климента в должности наставника училища, был одним из величайших ученых своего времени не только среди христиан, но и язычников. Своей просвещенной деятельностью в Александрии и других местах, а также сочинениями, он приобрёл сильное влияние на современников Им создано в церковном просвещении особое богословское направление, которое сохранялось долгое время после его смерти. Он родился в Александрии ок. 185 г. Отец его Леонид, александрийский ритор, был научно и христиански образованным. Под его руководством он и получил начальное образование, проявляя с юных лет необыкновенные дарования. Знания его обогатили уроки Климента. Во время гонений при Септимии Севере (202 г.), был замучен Леонид. Ориген хотел разделить его участь. Удержанный матерью, он писал отцу в темницу, убеждая его не отступать от веры. Одна богатая женщина дала ему приют в своем доме, но он ушел от неё, т. к. в доме её собирались еретики. Ориген решил стать преподавателем словесных наук и тем добывать себе содержание. Многие язычники, желавшие принять христианство, обращались к нему с просьбой научить их истинам, - и он сделался огласителем. Во время гонений он ободрял и поддерживал верующих, безбоязненно посещая заключенных, сопровождая их в суды и даже на место казни, причем сам едва избегал смерти. Оригена оценил епископ Александрийский Димитрий, который в 203 г. поручил ему должность катехета и начальника огласительного училища, вместо Климента, отправившегося на восток. Ревностно преподавая, он свободное время проводил в молитве, в изучении св. Писания и стремился вести жизнь аскетическую. Желая сделаться бесстрастным, он дошел до того, что оскопил себя. Слава Оригена, как великого христианского учителя, привлекала к спору с ним многих языческих философов. Для большей успешности в таких спорах Ориген отлично изучил все философские системы. Свои познания он расширил, путешествуя в Палестину, Грецию и Рим. Для противопоставления ученым язычникам истин христианских, Ориген признал полезным для Церкви перенять у язычников научную форму, в которую можно вложить христианское вероучение. Число его учеников все увеличивалось, он нашел помощника, в лице друга своего Иракла, и разделил школу на две половины. Иракл преподавал начинающим ученикам, а сам Ориген более подготовленным. Языческие философы и еретики приходили слушать Оригена и учиться у него. Среди обращенных им был видный еретик Амвросий, ставший потом его другом. В 217 г. Ориген был приглашен одним князем для проповеди в Аравии. В 219 г. он отправился в Палестину и обосновался в Кесарии, т. к. в Египте было опасно жить из-за междоусобной войны. Епископ Кесарийский Феоктист позволил ему в своей церкви и в своем присутствии беседовать и изъяснять св. Писание, хотя он не был еще рукоположен во пресвитера. Это вызвало неудовольствие александрийского епископа Димитрия, считавшего, что мирянину не следует публично учить в церкви. Он потребовал возвращения Оригена в Александрию, что тот и выполнил. В 220 г. Ориген был вызван в Антиохию, ко двору Юлии Маммеи, матери имп. Александра Севера. В 228 г. его вызвали в Грецию, где возникла ересь. Сам еп. Димитрий отправил его туда для борьбы с ней. По пути, в Палестине, друзья Оригена, епископ Феоктист Кесарийский и Александр Иерусалимский, поставили его в пресвитера, считая, что тогда он будет пользоваться большим авторитетом у еретиков. Когда через два года он вернулся в Александрию, то был встречен недружелюбно еп. Димитрием. Слава его вызывала в нем зависть. Считал он и нарушением своих прав посвящение Оригена епископами других Церквей. Скопчество Оригена Димитрий признавал препятствием к поставлению его пресвитером. На соборе в Александрии Оригену запрещено было учить в Александрии и указано пребывать вне Александрийской епархии (231 г.). Найдены были в сочинениях Оригена некоторые вольные мысли. Постановлением собора в 232 г. Ориген был извержен из пресвитерского сана и отлучен от Церкви. Он еще до окончания суда удалился на восток к своим друзьям епископам, у которых нашел дружественный прием. Епископы в Палестине, Финикии, Аравии, Ахаии были на стороне Оригена и против его отлучения.
Ориген сосредоточил всю свою ученую деятельность в Кесарии. Он основал такое же училище, как и в Александрии, которое славилось многими учеными мужами. В 244 и 248 годах Ориген принимал участие на соборах аравийских против еретиков. Силой своего убеждения он заставил еретиков отказаться от своего учения. Во время гонений при Декии Ориген подвергался истязанию. В 254 г., обессиленный старостью (ему было ок. 70 лет) и истязаниями, он умер в Тире, в мире и общении с Церковью.