Только к концу 1495 г. Стен Стуре решил направиться в Финляндию. Он предпринял свой знаменитый «крестовый поход» под знаменем Эрика Святого. Но к тому времени Кнут Поссе уже заставил русских снять осаду. Отношения между правителем и государственным советом стали напряженными. Стуре считал, что совет держит его и его войска в Финляндии только для того, чтобы он не мешал совету проводить в стране собственную политику. Государственный совет в свою очередь обвинял Стуре в том, что он не захотел бросить свои войска в бой против русских; духовенство также жаловалось на поборы, взимаемые им для обороны государства, и обвиняло его в жадности. В 1496 г. Сванте Стуре захватил и уничтожил русскую крепость Ивангород, против Нарвы, — с тех пор эти два города играли значительную роль в истории Швеции на протяжении более чем двух веков. После этого между ним и правителем возникла крупная ссора. В начале 1497 г. был заключен мир с русскими, однако в то же время назревал внутренний кризис в самой Швеции. Недовольство совета ростом влияния Стуре и его почти самодержавным правлением все усиливалось. Датский король Ганс вооружал свои войска для захвата Швеции. Правитель и архиепископ, игравший в совете главную роль, начали открытые действия друг против друга. Король Ганс со своим войском подошел к Стокгольму. Борьба кончилась поражением Стена Стуре. К нему пришли на помощь верные ему войска из Далекарлии, но они потерпели поражение от немецких ландскнехтов короля Ганса в битве при Рутебру, севернее столицы. Вылазка самого Стуре из Стокгольма потерпела неудачу. Начались переговоры, в результате которых датский король Ганс был возведен на шведский престол в соответствии с программой 1483 г. Стену Стуре были оставлены в виде «пенсии» Финляндия и шведские лены. Таким образом, снова победил конституционализм государственного совета. На сей раз это была победа над новой национальной централизованной властью, которую стремился установить Стен Стуре. В 1499 г. наследником шведского престола был избран Кристиан II, сын короля Ганса.
Победа государственного совета и короля Ганса была, однако, лишь случайной и эфемерной. Резко выявилось несоответствие между проводившейся ранее прорусской политикой датского короля и интересами его нового государства, а когда Ганс потерпел в 1500 г. известное тяжелое поражение в битве с дитмаровцами, его противники воспрянули духом, а шведские сторонники начали выражать недовольство его правлением. Стен Стуре и его друзья подняли восстание. Стен Стуре лично отправился в Далекарлию и стал разъяснять жителям, что он затеял новую войну отнюдь «не в целях личного обогащения, а для блага Швеции». В результате победы восстания Стен Стуре снова стал правителем государства, между прочим, при поддержке своего бывшего врага Сванте Нильссона Стуре.
В декабре 1503 г. Стен Стуре лично сопровождал к границам Халланда датскую королеву, супругу короля Ганса, возвращавшуюся на родину из шведского плена. На обратном пути правитель Швеции умер. Возник вопрос: кто явится его преемником? Ближайшие сторонники Стена Стуре и его вдова Ингеборг не были склонны поддерживать кандидатуру главного претендента на место Стена Стуре — его племянника Сванте Нильссона. Но Сванте Нильссону удалось добиться избрания при помощи хитрого маневра, характерного как для тогдашнего политического положения в стране, так и для самого инициатора этого маневра, «выборного» линчёпингского епископа Хемминга Гада. Гад сопровождал Стена Стуре в его последней поездке. Чтобы дать Сванте Нильссону время добиться своего избрания, Гад подговорил какого-то торговца перевезти тело Стена вместе с кожаными шкурами «в качестве товара». Одного из слуг покойного правителя Гад нарядил в богатое платье с золотыми застежками, принадлежавшими Стену Стуре, украсил его золотой цепью и кольцами, и тот поехал в крытых санях, выдавая себя за больного Стена Стуре. Одновременно Гад уведомил Сванте Нильссона Стуре о смерти Стена Стуре и о своих действиях. Этот трюк удался, и Сванте был избран группой членов совета в качестве правителя, а его противники, не знавшие о смерти Стуре, были захвачены врасплох.