Лишь только Неронов подвергся опале, друзья его, составлявшие вокруг него "братию", не дремали. Они положили ходатайствовать за него пред государем. Протопопы Аввакум и Даниил костромской написали о том челобитную и отнесли к государеву духовнику Стефану. Но осторожный Стефан начал уже отделяться от своих задорных друзей, затеявших неравную борьбу с могущественным патриархом, и, по выражению Аввакума, "всяко ослабел", и челобитной "государю не снес". "Братия", впрочем, нашли другой путь к государю и свою челобитную ему подали, а государь передал ее патриарху. Между тем Аввакум отправился провожать Неронова на Каменный остров. И когда воротился, пошел 13 августа ко всенощной в Казанский собор, намереваясь, как бывало прежде, читать в положенное время вместо протопопа Неронова поучение к народу из толкового Евангелия. Но казанские священники не дали ему читать и сказали: ты протопоп в Юрьевце, а не наш, и патриарший архидиакон велел нам самим читать поучения к народу. Аввакум очень огорчился и не стал ходить в Казанскую церковь, а "завел свое всенощное" в сушиле, находившемся на дворе протопопа Неронова, переманил к себе несколько прихожан Казанской церкви, а чрез них позывал и других от церкви в сушило, говоря: "В некоторое время и конюшня-де иные церкви лучше". Священники казанские этого не стерпели и донесли о всем патриарху Никону. Поступок Аввакума был очень важен и противен канонам Церкви: он самовольно устроил особую молельню, самовольно отделялся сам и отделял других от Церкви в самочинное сборище. По приказу патриарха немедленно послан был Борис Нелединский со стрельцами. Они окружили Аввакумову молельню, когда всенощная в ней еще не кончилась, схватили самого Аввакума и богомольцев числом тридцать три, да тут же взяли и челобитчиков, т. е. писавших и подписавших челобитную о Неронове, так что всех взятых было до сорока человек и больше. Аввакум отведен был на патриарший двор и на другой день в оковах отвезен на телеге в Андроньев монастырь. А "братью", т. е. взятых богомольцев и челобитчиков, отослали в тюрьму и держали в ней целую неделю. В следующее воскресенье патриарх велел привести всех их в церковь, и во время литургии прочитал им из правил церковных, которые они нарушили своим самочинным сборищем, и всех предал анафеме и отлучил от Церкви. А трем протопопам, более других виновным как в этом самочинии, так и в составлении челобитной царю за Неронова против патриарха, да и по самому их духовному сану, было особое наказание. Прежде всего Никон "остриг голову" в соборной церкви в присутствии самого царя костромскому протопопу Даниилу и, сняв с него однорядку, отослал в Чудов монастырь на работу в хлебной, а чрез несколько времени сослал в Астрахань. Потом точно так же остриг в соборной церкви и при царе во время большого выхода за обеднею муромского протопопа Логгина, снял с него однорядку и кафтан и в цепях отослал в Богоявленский монастырь, а потом отправил в Муром, велев ему жить в деревне у отца под началом. Дошла очередь и до Аввакума. Чрез десять дней после заключения его в Андрониевой обители он приведен был пешком в Патриарший приказ и оставался здесь целый день пред судьями на расспросе про челобитную, а потом снова отпущен в тот же монастырь. Там просидел он всего четыре недели. В Никитин день (15 сентября), когда происходил в Москве крестный ход, привезли Аввакума к Успенскому собору. Сам патриарх совершал литургию, Аввакума держали у порога храма, все ждали времени, как начнет патриарх "стричь" протопопа. Но когда оно настало, внезапно государь сошел с своего места, приблизился к патриарху и упросил его не стричь Аввакума. Патриарх уступил: Аввакуму, более других виновному, сделано было снисхождение, он остался протопопом. Его передали только в Сибирский приказ и потом сослали с женою и детьми в Тобольск, где местный архиепископ дал ему и священническое место. Если протопоп Неронов подвергся церковному наказанию вовсе не за ревность по вере, а за величайшее оскорбление патриарха пред лицом целого Собора, то и три другие протопопа, Даниил, Логгин и Аввакум, пострадали точно так же вовсе не за ревность по вере, а за то, что вздумали защищать пред царем в укор патриарху своего до крайности виновного патрона, а еще более за то, что дерзнули устроять самочинное сборище. Неизвестно в подробностях, как происходил суд над этими тремя протопопами и над теми богомольцами, которые взяты были в молельне Аввакума, но они судились несомненно по правилам Церкви (см. правила святых апостолов 31, 55 и святого Василия Великого 1 и др.), и если виновным предложено было троекратное увещание, а они не раскаялись, то осуждены совершенно справедливо, хотя, без сомнения, при наказании их можно было бы обходиться с ними не с такою жестокостию и не предавать их такому позору.