Утром 31 генваря, в четверг на всеедной неделе, собрались в Чудов монастырь к патриархам архиереи, архимандриты, игумены и множество прочего клира для избрания патриарха при громадном стечении любопытствовавшего народа. Сначала избрали двенадцать кандидатов, в числе которых трое были епископы, а остальные архимандриты и игумены. Потом из этих двенадцати избрали, "не без ведома" государя, только трех. Составив акт избрания, все архиереи с Антиохийским патриархом во главе (Александрийский по болезни еще не мог выходить) отправились к государю во дворец. Государь вышел к ним со всем своим синклитом и, приняв благословение от патриарха, пригласил его и прочих архиереев сесть, а сам сел на своем золотом троне. Тогда Новгородский митрополит Питирим подал патриарху Макарию бумагу с именами трех избранных кандидатов, а патриарх представил ее царю. Царь приказал думному дьяку Алмазу Иванову прочитать ее во всеуслышание. Избранными оказались: архимандрит Троицкого Сергиева монастыря Иоасаф, архимандрит Владимирского монастыря Филарет (а по Симеону Полоцкому, архимандрит тихвинского Богородичного монастыря Корнилий) и келарь Чудова монастыря Савва. После долгого совещания с патриархом Макарием царь указал именно на первого кандидата, и тогда Новгородский митрополит, обратившись к архимандриту Иоасафу, возгласил: "Светлейший государь и священный Собор призывают твою святыню на высочайший престол патриаршества Московского". Иоасаф, дряхлый старец, начал было отказываться, ссылаясь на свои лета и на то, что не имел ни учености, ни способности к церковным делам. Но государь не без слез упрашивал старца покориться воле Божией и сказал ему речь (Лигарид влагает в уста государя даже весьма обширную и витиеватую речь с ссылками на Сократа, Гесиода и других языческих писателей, очевидно сочиненную самим Лигаридом). От государя пошли патриарх Макарий и новоизбранный патриарх вместе со всеми архиереями в Успенский собор, приложились к святым иконам и благословили народ; потом Макарий благословил новоизбранного патриарха и властей, новоизбранный поцеловался по обычаю со всеми архиереями, и все отправились по домам, а новоизбранный - на свое Троицкое подворье, в Богоявленский монастырь.
В следующее воскресенье, 3 февраля, предполагали совершить наречение новоизбранного патриарха, но за продолжавшеюся болезнию Паисия Александрийского это было до времени отложено. А между тем в этот самый день, в который пришлась неделя о блудном сыне, состоялось под председательством Макария заседание Собора, на которое позваны были оба запрещенные архиереи, Павел Крутицкий и Иларион Рязанский. Выслушав наставление от Макария, они с раскаянием поверглись пред ним ниц, и он благословил их и изрек им полное прощение и разрешение. Все архиереи были рады, приветствовали их и братски лобызали. На другой день государь посетил патриархов, что делал он нередко, с целию испросить у них благословения, а патриархи во время его посещения пригласили к себе обоих накануне прощенных владык. И государь, сделав им с своей стороны сильный выговор за оказанное сопротивление власти, также простил их и отпустил с миром.