Второе заседание Собора происходило около 18 ноября в патриархии, в патриаршей крестовой палате. В этом заседании участвовали только патриархи, митрополиты, архиепископы, епископы и другие духовные лица, но не было ни государя, ни его синклита и при них царских дьяков, почему оно и не упоминается в современной записи, составленной дьяками, а довольно подробно описывается лишь у Паисия Лигарида, который и был на нем, судя по описанию, главным действователем. Собрание обсуждало три следующие вопроса: а) дозволительно ли созывать Соборы по нуждам времени; б) имел ли право царь Алексей Михайлович созвать Собор, на который пригласил и Восточных патриархов, и в) будет ли созванный теперь Собор Вселенским или только частным. Поместным? Дать ответ на эти вопросы еще до суда над Никоном собравшиеся архипастыри сочли нужным, может быть, вследствие толков в обществе, исходивших от сторонников Никона или даже от самого Никона: известно, например, что он еще в 1660 г. отрицал право царя Алексея Михайловича созывать Собор. На все три вопроса решение заблаговременно было приготовлено Паисием Лигаридом и в заседании Собора было только прочитано. На первый вопрос Паисий отвечал утвердительно и, указав на Соборы, бывшие еще при святых апостолах, на правила апостольские и соборные, повелевающие созывать Соборы, на примеры Соборов Вселенских и Поместных, пришел к заключению, что и ныне можно и должно созывать Соборы по требованиям нужды. Утвердительно отвечал Паисий и на второй вопрос и довольно подробно раскрывал мысль, что цари греческие, как только сделались христианами и покровителями Церкви, сами созывали Соборы: Константин Великий созвал Собор Никейский - Вселенский, Феодосий Великий - Собор Константинопольский, Феодосий Младший - Ефесский, Маркиан - Халкидонский и пр. и что по примеру греческих православных царей и царь Алексей Михайлович, равный им во всем, имеет полное право на созвание Собора. Решение третьего вопроса состояло в том, что хотя Собор, созванный царем Алексеем Михайловичем, представлял собою подобие Вселенского Собора, так как на нем присутствуют два Вселенские патриарха и многие архиереи из всех патриархий, но собственно это не есть Собор Вселенский: на нем не предположено рассматривать и определить какой-либо догмат веры, а предположено только произнесть суд над Никоном, вызванный его недостойными делами. Настоящий Собор похож на Собор, бывший некогда против Цареградского патриарха Фотия и называющийся в Церкви только Поместным, а не Вселенским. Когда таким решением вопроса все были удовлетворены, Паисий встал с своего места и сказал длинную и витиеватую речь, в которой, приписывая особенное, таинственное значение числу семь (7 дней творения, 7 труб, от которых пал Иерихон, и пр.), старался доказать, что Вселенских Соборов должно быть только семь, никак не более, и что все прочие Соборы, каковы бы они ни были, не следует называть Вселенскими. После этого присутствовавшие в заседании разошлись. Но Паисий прибавляет, что кроме трех вопросов, решенных в заседании Собора, предложены были еще два вопроса "келейно", т. е., вероятно, уже в кельях патриархов по окончании заседания, и именно вопросы: а) почему Александрийский патриарх называется судиею вселенной и б) с какого времени Антиохийский патриарх начал именоваться пастырем пастырей и архиереем архиереев? Ответы и на оба эти вопроса, весьма подробные, с учеными ссылками, даны были тем же Паисием Лигаридом и, очевидно, направлены были против Никона, не хотевшего признать авторитет этих патриархов для суда над ним.